001、单个删除(base)[root@pc1test1]#lsa.fa(base)[root@pc1test1]#cata.fa##测试文件>chr1tttcccggg>chr2tttgggjjjcccjjjjjj>chr3ccc>chr4aaaaatt(base)[root@pc1test1]#seqkitgrep-v-p"chr1"a.fa

 001、[root@pc1test1]#lsa.fachr.list[root@pc1test1]#cata.fa##测试fasta>chr1tttcccggg>chr2tttgggccc>chr3cccttt>chr4aaaaattt[root@pc1test1]#catchr.list##染色体列表chr2chr4[root@pc1test1]#seqkit-w8

1.背景  在前面小节我们使用了这些软件,因为混合使用比较让人混乱,这里总结理清楚一下.2.seqtk  功能总览如下图所示.2.1seq  这个功能主要是对\(.fasta\)和\(.fastq\)格式的文件进行格式化.\(-l\)  主要是让序列每行显示多少个碱基#每行显示60个氨基酸se

 001下载静态软件  wgethttps://github.com/shenwei356/seqkit/releases/download/v2.4.0/seqkit_linux_amd64.tar.gz 002、解压tar-xzvfseqkit_linux_amd64.tar.gz 003、调用测试./seqkit--help|head 

 001、提取单条contig[root@pc1test4]#lstest.fa[root@pc1test4]#cattest.fa##测试fasta文件>contig_1ATAGAGACGACC>contig_2ATAGGACNNAGACACGTTAGAT

导读本文将介绍SeqKit：用于FASTA/Q文件操作的跨平台和超快工具包，后续提供了一些长用的示例。1.安装conda安装condainstall-cbiocondaseqkitMac安装br