首页 > 其他分享 >seqkit软件根据染色体名称从fasta文件中批量提取数据

seqkit软件根据染色体名称从fasta文件中批量提取数据

时间:2023-10-13 17:36:43浏览次数:57  
标签:test1 批量 ## pc1 fa fasta root seqkit

 

001、

[root@pc1 test1]# ls
a.fa  chr.list
[root@pc1 test1]# cat a.fa             ## 测试fasta
>chr1
tttcccggg
>chr2
tttggg
ccc
>chr3
cccttt
>chr4
aaaaattt
[root@pc1 test1]# cat chr.list         ## 染色体列表
chr2
chr4
[root@pc1 test1]# seqkit -w 8 grep -f chr.list a.fa > result.fa   ## -w指定每行输出的碱基数目
[INFO] 2 patterns loaded from file
[root@pc1 test1]# cat result.fa         ## 结果文件
>chr2
tttgggcc
c
>chr4
aaaaattt

 

 

标签:test1,批量,##,pc1,fa,fasta,root,seqkit
From: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17762665.html

相关文章

  • fastAdmin框架表格内容文字过长,显示部分内容和省略号
    效果:  代码: {field:'content',title:__('文件内容'),formatter:function(value,row,index,field){return"<spanstyle='display:block;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;'title......
  • Linux awk给fasta中重复的染色体名做重复标记
     001、[root@pc1test1]#lsa.txt[root@pc1test1]#cata.txt##测试文件>jcf718000347055627>jcf718000347055638>jcf7180003470552496>jcf718000347054653>jcf718000347055862>jcf718000347055671>jcf718000347055085&......
  • App:基于VsCode的批量Diff工具
    1.效果预览1.1界面图1.2点击操作-Diff2.下载包https://pan.baidu.com/s/1Xe0vjtc-izAXYTXEfuOEcQ?pwd=Tidy3.技术方案3.1技术架构采用本地服务+React。3.2技术清单3.2.1服务框架是TidyHttp3.2.2React组件框架是antd3.2.3开发语言是C#4.其他......
  • fastapi关掉框架自带422响应文档
    app=FastAPI()defcustom_openapi():ifnotapp.openapi_schema:app.openapi_schema=get_openapi(title=app.title,version=app.version,openapi_version=app.openapi_version,description=app.desc......
  • 【Python】FastAPI 使用python3.6+构建API的Web框架
    现代、快速(高性能)的Web框架,用于构建基于Python的 API;基于Starlette和Pydantic库构建而成官网:https://fastapi.tiangolo.com/ 1、安装#对于生产环境,还需要一个ASGI服务器,如Uvicorn或Hypercorn#>pipinstall"uvicorn[standard]"pipinstallfastapipipi......
  • 双for循环+grep实现批量查找文件内容
     [root@localhostweihu1]#cattest.txt/etc/nginx/conf/wwwblackip.conf/etc/nginx/bss_acl/bss_acl.conf/etc/nginx/conf/whiteip.conf/etc/nginx/conf/apiwhitelist.conf/etc/nginx/api_acl/api_acl.conf[root@localhostweihu1]#catip.txt121.40.157.124124.70.195.3......
  • python_批量处理excel文件
    情况pipinstallopenpyxlpipinstallxlrd数据Excel文件的格式为xls和xlsx,pandas读取excel文件需要安装依赖库xlrd和openpyxl。!注意:当xlrd>=2.0时,只支持xls格式,不再支持xlsx。数据代码importpandasaspdimportosimportjsonif__name__=="__main__":e......
  • Linux 中awk命令根据索引文件批量提取列和行
     001、批量提取列,根据索引index.txt文件批量提取2、4、8、9列[root@pc1test2]#lsa.txtindex.txt[root@pc1test2]#cata.txt##测试文件00100200300400500600700800901001101201301401501601701801902002102202302402502602......
  • SpringBoot + SpringBatch + Quartz整合定时批量任务
    1、引言最近一周,被借调到其他部门,赶一个紧急需求,需求内容如下:PC网页触发一条设备升级记录(下图),后台要定时批量设备更新。这里定时要用到Quartz,批量数据处理要用到SpringBatch,二者结合,可以完成该需求。由于之前,没有用过SpringBatch,于是上网查了下资料,发现可参考的不是很多,于是只能去......
  • fastapi手动添加swagger文档描述
    fastapi手动添加swagger文档描述"""在正常开发过程中,fastapi会自动地将正确响应(status=200)和输入校验失败响应(status=422)添加到文档中.当有自定义的响应描述添加到文档中时,就需要我们手动添加到路径函数的:responses参数中.用户可以按照openapi的语法,将响应的描述信息添加......