SRA
  • 2024-07-10如何通过SRA Tools处理从NCBI获得的SRA数据
    1.安装SRATools通过SRAToolkit可以方便的从NCBI下载SRA数据,但是速度较慢,Aspera虽然快,但是难点在于找NCBI的源文件地址,而且SRAToolkit好像可以调用Aspera(虽然还没找到方法)具体操作可以参考这个帖子,下载安装很容易,主要是配置环境要配置好,不然用不了https://blog.csdn.net/m0_6
  • 2024-04-15生信公共数据库下载处理
    下载数据基础知识首先了解一下SRA数据库的架构:SRP(项目Project)—>SRS(样本Sample)—>SRX(数据产生Experiment)—>SRR(数据本身)国际上的三大生物数据库:SRA,ENAorDDBJ,分别在美国、欧洲、日本,它们之间的数据是同步的,所以可以在任意一个数据库中下载数据,而EBI数据库能够
  • 2023-10-15sra format SRA文件的格式
    http://www.ebi.ac.uk/ena/about/sra_formatReadmetadataformatMetadataisrepresentedusingXMLdocuments.FordetailedinformationaboutthemetadataXMLspleaserefertoSRAXML1.5metadataformat.ForexampleshowtopreparetheXMLspleasereferto
  • 2023-10-06根据sra号从ncbi下载标准fastq数据
     001、ncbi官网   002、SRALite和SRANormalized的区别:https://www.omicsclass.com/article/2178如下图:sra.lite的磁盘占用小于标准sra的,以SRR3156163为例。    003、sra.lite和sra标准数据下载 004、点击dataaccess  005、如下图:1未标准
  • 2023-10-06linux 中 prefetch命令批量下载sra测序数据
     001、prefetch的安装  002、准备下载sra号的列表  003、设置下载存储目录  004、下载命令 。 参考:https://codeleading.com/article/83981102254/
  • 2023-10-0210. 数据下载
    1.引入  当我们想比对测序数据与参考基因组时,先下载好参考基因组的数据,接下来就是准备测序数据.那么问题来了,测序数据是如何准备呢?2.database  我们打开一篇论文,通常我们可以在论文尾部发现数据下载处.论文尾部会介绍数据上传位置或者数据出处.下图就是上传至GEO数