SRA数据库:SequenceReadArchive:隶属NCBl(NationalCenterforBiotechnologyInformation)它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据(metadata)的数据库，所有已发表的了献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后

要从GEO（GeneExpressionOmnibus）数据库下载SRA（SequenceReadArchive）文件，可以使用以下步骤：1.查找GEO数据集首先，访问GEO数据库的GEO网站并搜索你感兴趣的数据集。通常数据集的ID以"GSE"开头，例如GSE12345。2.找到SRA访问链接在数据集页面上，你可以找到与SRA

准备安装Toolkits建议conda安装，命令如下。(兼容性还行，没必要新建环境)condainstall-cbiocondasra-tools注意：使用时记得先激活conda环境。直接安装，请参考：SRAToolKit(sra-tools)的安装和使用配置prefetch下载路径prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径，非常建议更

1.安装SRATools通过SRAToolkit可以方便的从NCBI下载SRA数据，但是速度较慢，Aspera虽然快，但是难点在于找NCBI的源文件地址，而且SRAToolkit好像可以调用Aspera（虽然还没找到方法）具体操作可以参考这个帖子，下载安装很容易，主要是配置环境要配置好，不然用不了https://blog.csdn.net/m0_6

下载数据基础知识首先了解一下SRA数据库的架构：SRP(项目Project)—>SRS(样本Sample)—>SRX(数据产生Experiment)—>SRR(数据本身)国际上的三大生物数据库：SRA,ENAorDDBJ，分别在美国、欧洲、日本，它们之间的数据是同步的，所以可以在任意一个数据库中下载数据，而EBI数据库能够

http://www.ebi.ac.uk/ena/about/sra_formatReadmetadataformatMetadataisrepresentedusingXMLdocuments.FordetailedinformationaboutthemetadataXMLspleaserefertoSRAXML1.5metadataformat.ForexampleshowtopreparetheXMLspleasereferto

 001、ncbi官网   002、SRALite和SRANormalized的区别：https://www.omicsclass.com/article/2178如下图：sra.lite的磁盘占用小于标准sra的，以SRR3156163为例。    003、sra.lite和sra标准数据下载 004、点击dataaccess  005、如下图：1未标准

 001、prefetch的安装  002、准备下载sra号的列表  003、设置下载存储目录  004、下载命令 。 参考：https://codeleading.com/article/83981102254/

1.引入  当我们想比对测序数据与参考基因组时,先下载好参考基因组的数据,接下来就是准备测序数据.那么问题来了,测序数据是如何准备呢?2.database  我们打开一篇论文,通常我们可以在论文尾部发现数据下载处.论文尾部会介绍数据上传位置或者数据出处.下图就是上传至GEO数