• 2024-03-24BioPython模块的安装
     001、确认是否已经安装(base)[root@pc1~]#pythonPython3.11.4(main,Jul52023,14:15:25)[GCC11.2.0]onlinuxType"help","copyright","credits"or"license"formoreinformation.>>>importBioTraceback
  • 2023-11-21在利用biopython请求生信数据库接口时,如何添加HTTP代理
    如果你使用Biopython来请求生物信息学数据库接口,并且需要通过HTTP代理进行访问,你可以使用urllib库来设置代理。以下是一个示例代码,展示了如何在Biopython中添加HTTP代理:fromurllibimportrequest#设置代理服务器的地址和端口proxy=request.ProxyHandler({'http':
  • 2023-11-13利用Biopython – Pairwise Alignment计算序列相似度
    #ImportlibrariesfromBioimportpairwise2fromBio.SeqimportSeq#Creatingsamplesequencesseq1=Seq("TGTGACTA")seq2=Seq("CATGGTCA")#Findingsimilaritiesalignments=pairwise2.align.globalxx(seq1,seq2)#Showingresultsformat
  • 2023-03-21biopython Bio.Alphabet
    参考:https://biopython.org/wiki/Alphabet作用:1.记录序列的分子类型(DNA,RNA或蛋白质),2.在序列、alignment、motif等中声明预期的字符。在Biopython1.78及以后的版
  • 2023-03-19biopython Sequence相关
    参考:http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html1.构建Seq()对象fromBio.SeqimportSeqmyseq=Seq("AGTACACTCA")print(myseq)#AGTACACTCAprint(typ
  • 2023-03-17biopython 文件解析
    test.fasta内容如下:>heavyEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTLSGDWIHWVRQAPGKGLEWLGEISAAGGYTDYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARESRVSFEAAMDYWGQGT>lightDIQMTQSPSS
  • 2023-03-14Biopython 安装
    参考:Biopython安装Biopython安装本节解释了如何在你的机器上安装Biopython。它的安装非常简单,不会超过5分钟。第1步 -验证Python的安装Biopython被设计为与Python