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在利用biopython请求生信数据库接口时,如何添加HTTP代理

时间:2023-11-21 15:01:49浏览次数:58  
标签:HTTP biopython request 代理 opener proxy Biopython Entrez 生信

如果你使用 Biopython 来请求生物信息学数据库接口,并且需要通过 HTTP 代理进行访问,你可以使用 urllib 库来设置代理。以下是一个示例代码,展示了如何在 Biopython 中添加 HTTP 代理:

from urllib import request

# 设置代理服务器的地址和端口
proxy = request.ProxyHandler({'http': 'http://your_proxy_server:port'})

# 创建一个 opener,并将代理绑定到 opener
opener = request.build_opener(proxy)

# 安装 opener
request.install_opener(opener)

# 使用 Biopython 来请求生信数据库接口
from Bio import Entrez

# 设置邮箱地址(在某些数据库中需要提供邮箱地址)
Entrez.email = "[email protected]"

# 使用代理发送请求
handle = Entrez.efetch(db="pubmed", id="12345678")
# 处理返回的数据
data = handle.read()

# 关闭请求句柄
handle.close()

在上面的示例中,你需要将 'http://your_proxy_server:port' 替换为你实际使用的代理服务器的地址和端口号。

这段代码首先创建了一个代理处理器 ProxyHandler,并将其与一个新的 opener 绑定。然后,使用 build_opener 函数创建一个具有代理的 opener,并使用 install_opener 函数将其安装。最后,使用 Biopython 的 Entrez 模块发送请求,并通过代理获取数据。

标签:HTTP,biopython,request,代理,opener,proxy,Biopython,Entrez,生信
From: https://blog.51cto.com/u_12890843/8503520

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