双链DNA的横截面积是多少？

我希望确定具有不同碱基（10 至 150）的双链 DNA 的持久长度。我找到了一个方程： P= B_s/ K T 其中 B_s 是弯曲刚度 B_s= E * I 其中 I 是横截面积

所以，我只需要确定双链 DNA 的横截面。

另外，以前有人在 Python 上使用过 oxDNA 吗？我也想确定 oxDNA 上的持久长度，以便能够比较这些值

嗯，我目前正在探索 oxDNA。对于横截面，我想知道我是否应该采用圆柱体或圆形的横截面。

要计算双链 DNA 的持久长度，需要了解其横截面积，该面积用于计算弯曲刚度 (B_s)。然而，将双链 DNA 视为圆形或圆柱形实体并计算其横截面积是一种过于简化的方法，并且不会产生准确的结果。

双链 DNA 的结构非常复杂，其横截面积不是恒定的。它取决于结构参数，例如主要的和次要的凹槽的宽度、碱基对的螺旋扭曲以及相邻碱基对之间的距离。

因此，没有直接的方法可以“计算”具有不同碱基数的双链 DNA 的持久长度。但是，可以使用如下方法进行估计：

1. 实验测量： 持久长度可以通过使用原子力显微镜 (AFM)、光镊或单分子荧光共振能量转移 (FRET) 等技术对 DNA 分子进行实验测量来确定。

2. 计算机模拟： 可以使用 oxDNA 等粗粒度模型模拟 DNA，以根据序列和环境条件估计持久长度。oxDNA 将 DNA 表示为由代表核苷酸的珠子连接而成的链，并使用一组简化的势函数来描述它们之间的相互作用。

关于 oxDNA：

oxDNA 是一种流行的用于模拟 DNA 的粗粒度模型。它相对快且计算效率高，同时仍能捕获 DNA 的重要结构和动力学特性。如果不熟悉 oxDNA，可以查看其文档和教程（ https://dna.physics.ox.ac.uk/ ）。

使用 oxDNA 确定持久长度：

oxDNA 计算持久长度的一种方法是对模拟的 DNA 分子的弯曲波动进行分析。可以使用 oxDNA 生成模拟轨迹，然后使用这些轨迹来计算持久长度。

将 oxDNA 结果与实验值进行比较：

重要的是要注意，oxDNA 是一个粗粒度模型，因此其预测的持久长度可能与实验值不完全一致。然而，oxDNA 应该能够捕捉到持久长度对序列和环境条件的依赖性的总体趋势。通过将的 oxDNA 结果与来自文献的实验数据进行比较，可以了解模型的准确性和局限性。

总之，尽管简单的几何计算不足以确定持久长度，但可以使用实验技术或像 oxDNA 这样的粗粒度模拟工具。oxDNA 使能够研究序列和环境条件对 DNA 持久长度的影响，为提供对这种特性的宝贵见解。