FAT32和NTFS是两种不同的文件系统，它们之间存在一些显著的差异。以下是它们之间的主要区别：
1. 支持的分区大小：
NTFS可以支持的分区（如果采用动态磁盘则称为卷）大小可以达到2TB（2048GB），而FAT32支持分区的大小最大为32GB（尽管FAT32文件系统可以支持的最大分区容量为2TB，但在Windows 2000中，FAT32支持的最大分区大小为32GB）。
2. 文件大小限制：
FAT32文件系统支持的最大文件大小为4GB，这可能会限制一些大型文件的存储。而NTFS没有这样的限制，可以存储大于4GB的文件。
3. 安全性：
NTFS文件系统提供了更高级别的安全性，包括文件和目录的访问权限控制、加密文件系统（EFS）以阻止未授权的用户访问文件等。而FAT32文件系统在这些方面的安全性较差。
4. 稳定性和容错性：
NTFS是一个日志文件系统，可以记录所有对磁盘的更改，这使得在发生错误（如系统崩溃或电源供应中断）时更容易恢复数据。NTFS还具有磁盘自我修复功能，可以自动检测和修复硬盘上的逻辑错误和物理错误。相比之下，FAT32文件系统在这些方面的能力较弱。
5. 磁盘空间利用率：
在FAT32文件系统中，随着分区大小的增加，簇的大小也会增加，这可能会导致小文件存储时的空间浪费。而NTFS文件系统采用了更高效的磁盘空间管理方式，可以更有效地利用磁盘空间。
6. 兼容性：
FAT32文件系统具有较好的兼容性，可以充分兼容Win 9X及以前版本。而NTFS文件系统只能被Windows NT以及以NT为内核的Windows 2000/XP以上系统所识别。
总的来说，NTFS文件系统在安全性、稳定性和磁盘空间利用率方面优于FAT32文件系统，但FAT32文件系统在兼容性和易用性方面可能更具优势。NTFS目前多用于电脑、移动硬盘等各种大中型空间容量的磁盘，FAT32却多用于U盘、内存卡等小型磁盘。