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NCIB中实现从refseq中下载参考基因组

时间：2024-02-29 11:25:57浏览次数：19

标签：参考基因组 NCIB 点击 refseq 下载

001、ncbi官网

002、选择genome；输出物种名，然后点击search搜索

003、选择要下载的参考基因组

004、依次点击1和2

005、进入下载页面

。

标签：参考,基因组,NCIB,点击,refseq,下载
From： https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/18043034

全基因组测序流程 | WGS pipeline
创建conda环境，安装必要软件condacreate-nwgscondaactivatewgscondainstallbioconda::bwa 下载最佳reffastagcloudstoragecpgs://BUCKET_NAME/OBJECT_NAMESAVE_TO_LOCATIONgs://gcp-public-data--broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fastaR......
GS | Julius报告：基因组预测的准确性
JuliusVanderWerf是新英格兰大学（UniversityofNewEngland，UNE）教授，专门从事遗传评估、育种计划设计、育种目标和基因组选择方面的研究。他指导了60多名博士生。2003年至2019年，他担任绵羊CRC遗传学项目的经理，在此期间，澳大利亚绵羊产业实施了基因组选择。Julius曾是多个行业......
GS | Julius报告：利用基因组信息预测遗传变化
JuliusVanderWerf是新英格兰大学（UniversityofNewEngland，UNE）教授，专门从事遗传评估、育种计划设计、育种目标和基因组选择方面的研究。他指导了60多名博士生。2003年至2019年，他担任绵羊CRC遗传学项目的经理，在此期间，澳大利亚绵羊产业实施了基因组选择。Julius曾是多个行业......
《计算生物学导论 : 图谱、序列和基因组》是2009年8月科学出版社出版的图书，作者是(美)
本书介绍分子生物学的基本常识、限制图谱和多重图谱，研究克隆和克隆图谱，讨论DNA序列相关的话题，涉及序列中模式计数的统计问题等。 [1] 图书目录编辑播报《生物数学丛书》序前言数学符号第0章引言第1章分子生物学一些知识第2章限制图谱第3章多重图谱第4章求解D......
基因组序列比对（read alignment）
基因组序列比对（readalignment）技术，是将测序得到的read与已有的参考基因组进行比对，找到read与参考基因组匹配的对应位置，继而得到序列比对的详细结果。由于参考基因组碱基数极多，测序得到的read数据量极大，且测序的DNA序列中存在各种碱基变异和测序错误，因此不能直接将read与参考基因......
Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Gen
InferringDevelopmentalTrajectoriesandCausalRegulationswithSingle-cellGenomicsDevelopmentiscommonlyregardedasahierarchicalbranchingprocesswhichisgovernedbyunderlyinggeneregulatorynetworks.Single-cellgenomics,single-cellRNA-seq......
宏基因组测序相比于16S等测序技术的优势
宏基因组测序相比于16SrRNA基因测序技术有几个主要的优势：全面性：宏基因组测序提供了对整个微生物群落基因组的综合视角，而不仅限于16SrRNA基因。这意味着它能够捕捉到更广泛的微生物多样性，包括细菌、古菌、真菌以及病毒。功能信息：宏基因组测序不仅能够鉴定微生物群落中的物......
基因组变异分析
基因组变异分析基因组变异是指与参考序列相比,基因组中发生的单碱基变异、DNA序列片段插入、缺失、扩增和复杂结构变异等。目前基于测序方法进行单核苷酸多态性（SingleNucleotidePolymorphism,SNP）、短的插入缺失（Insertion-Deletion,InDel）等变异检测的策略主要有：（1）基于比对......
生信大神李恒综述：T2T时代的基因组组装
目录影响组装的基因组特性长读长和长范围（long-range）测序技术近T2T基因组组装核心组装算法评估序列组装李恒的观点生信领域大神李恒今年发在预印本上的一篇综述：Genomeassemblyinthetelomere-to-telomereera，小编总结下要点。影响组装的基因组特性决定基因组组装难易程度的主......
16-有参转录组实战2-将批量转录组比对到基因组上
#1，我们先下载毛果杨的基因组文件和GFF注释文件，自己去NCBI下：（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000002775.5/），选Genbank的。 #2，我们将GFF文件和genomic.fna文件上传到服务器，并重命名下，Ptri_genome.gff和Ptri_genome.fa。#3，安装hisat2condainstallhisat2......

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