第五章介绍了自组织系统方法。自组织系统理论包括四个部分：一是散耗结构理论、二是协同学、三是超循环学说、四是突变论。自组织系统的产生不是偶然的，它是19世纪中期以来热力学同生物学矛盾发展的结果由于机械化大生产的推动，19世纪中期热力学和分子物理学发展起来了，并发现了热力学第一定律和第二定律。在文中也介绍了科学家们对热力学和生物学矛盾的解决：从系统内部分子热运动的角度去解释有序性形成机制的尝试、从生命运动的角度去解释有序性的尝试、从生命系统与物理系统的本质差别上去解决问题、自组织系统理论的诞生。接着书中讲述了耗散结构理论，从耗散结构的定义（特征：动态性、有序性、宏观性）、形成条件（系统处于远离平衡态、系统的开放性、系统内不同要素之间存在非线性机制）、意义（开拓了新领域、为提高系统的功能指出了一条新途径等）几个方面来介绍。协同学的创立是继耗散结构理论之后对自组织系统理论的又一重大发现，{系统内的协同运动是指组织过程的内在根据、在临界过程中涨落是形成系统有序结构的推动力量、开放式自组织形成的外部条件}。突变论的诞生成为自组织系统的数学工具，并推动自组织系统理论研究进入了新的阶段。最后对自组织系统进行了概述，随着自组织理论的进一步发展和完善及其原理和方法的进一步普及，自组织理论必将在现代管理实践中发挥出愈来愈大的作用。
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