001、问题:
gatk DBI 模块在 sheep 1号染色体(其他染色体同样的命令并没有报错;一共134 sheep个体)调用GenotypeGVCFs 命令call snps时出现如下报错:
002、问题原因
it looks like we are hitting the limits of zlib memory-wise. (达到zlib库的内存上限?)
003、解决方法
绵羊的1号染色体最长,将染色体打断,分成多个段去调用GenomicsDBImport 建库,然后再调用GenotypeGVCFs call SNPs, 比如分成三段,测试效果如下:
reference:
01:https://github.com/broadinstitute/gatk/issues/7012
标签:调用,End,染色体,buffer,zlib,Buffer,报错 From: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/18017033