单细胞测序

测序样本信息：完成了70个根际土壤样本的宏基因组测序。数据预处理：使用KneadData工具进行质控和去宿主处理。利用Trimmomatic去除接头序列并进行质量过滤。使用Bowtie2构建宿主库和进行去宿主处理。从头组装：采用MEGAHIT工具对原始测序数据进行从头组装，生成contigs。......

 单细胞转录组从研究方向看上，发育生物学、免疫、神经生物学、肿瘤是排名靠前的方向，这和我们平时遇到的高频研究方向基本吻合。另外，作为一个新兴的领域，10X单细胞转录组检测到细胞多，数据庞大，信息复杂，对数据分析带来诸多困难，因此算法类的文章（Computationalmethod）也高达76篇。从物种......

在有些情况下，细胞是很难完整分离的，比如长期保存的组织，或者大脑细胞和脂肪细胞。在分离细胞时所用的酶和破坏力往往会影响其他细胞区室的内容。此时，单核RNA测序就显得特别重要。细胞核转录组是否代表了整个细胞的转录组，以及在snRNA-seq中发现的基因是否或多或少与特定研究相关。一些......

单细胞测序Trajectoryanalysis轨迹推断细胞多样性不能通过离散的分类系统（例如细胞聚类）充分描述。观察到的细胞异质性发展的生物进程是一个连续过程（Tanay＆Regev，2017）。因此，为了捕获细胞身份之间的过渡状态、不同的分化分支或生物学功能的渐进式非同步变化，我们需要动态的基因表达模......

单细胞测序 缺失值填充技术数据校正的另一种类型是缺失值填充（也称为降噪或插补,denoisingorimputation）。单细胞转录组的数据包含各种噪声。这种噪音的一个特别突出的来源是dropout。推断dropouts事件，用推断出的合适的表达值替换这些零以减少数据集中的噪声成为几种最新工具的......

单细胞测序基因调控网络Generegulatorynetworks基因不是独立发挥作用的。相反，基因的表达水平是由与其他基因和小分子之间的复杂调控决定的。揭示这些调控作用是基因调控网络（GRN）推断方法的目标（SCENIC|从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型）。基因调控网络推断是基于对基因共......

空间转录组测序概述在多细胞生物中，单个细胞的基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生，即基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过对不同时间点的样本取材，使用单细胞转录组测序技术来解析时间维度上细胞类型和基因表达模式。空间特异性信息则相对较难获得。常规转......

单细胞测序 rarecell------------------------------------------罕见的细胞类型来说，鉴定出它们特定的标记基因目前仍存在很大挑战。而发现一些罕见的细胞类型，如干细胞，短暂存在的前体细胞，癌症干细胞或循环肿瘤细胞，对于深入理解正常和疾病状态下的组织生物学具有非常重要的意义。......

什么是批次效应？大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞，这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致，另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上。具体可以看这篇文章：https://www.nature.com/articles/nrg2825Batcheffectsaresub-groupsofmeasurementsthathavequalitat......

Doublets及其形成的原因单细胞测序期望每个barcode标签下只有一个真实的细胞，但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个barcode的情况，业内称之为doublets或multiplets（后面统称为doublets）。Doublets形成的原因主要是高通量单细胞测序一般使用液滴微流控（dropletmicrofluidi......