由于企业的数字化转型升级是在不断变革发展的内外部环境中进行的，企业的数智化转型升级面临着诸多挑战，而要达到保持更强健、更持续的生命力和竞争力，实现转型升级目标，认清目前存在的问题和困难是重中之重。困难和挑战有如下几个方面：
跨界融合难。缺乏跨部门、跨领域以及跨企业的协调融合能力，转型企业的潜能不能最大化，变革的速度也受限。企业内部业务战略的数字化转型，需要同时跨多个部门，分工、组织、协调等都异常困难。产业层面的数字化转型，更是需要供应链产业链上下游企业之间联合协作、合作共赢。而在分工日益精细化的今天，这种新的跨界融合往往较难实现。
战术规划少。缺乏明确的战略转型和实施路线图。企业或组织数字化转型缺乏整体性的战略规划，导致对未来数字化的方向与愿景不甚明晰，对企业当前数字化水平认知不足，从而无法客观地判断两者间的差距，确定所需补强的能力。战术上，价值链的单个环节迈的步伐大，但其他环节没有加入，最终导致达不到最终转型效果。
适用的数字化工具少。忽视企业的差异性、迷信成功案例、在没有认知自己企业就盲目的启动数字化，照抄照搬其他企业是目前数字化转型成功率低的主因！转型失败是谁也不愿意接受的结果，所以中小微企业再也不要盲目的启动数字化转型，要想成功的实现数字化转型，应该选择一套好的系统或平台，可以方便的个性化定制那种，业务变化了系统逻辑、业务跟着改，虽然目前方便数字化转型的个性化平台并不少，且大多浮在表面，做些可视化、大屏什么的，但还是可以找到的，做得比较深入的好像有xPlus（3UCS），就是3UCS与武科大联合打造的软件应用快速定制平台，3UCS的工程师参考某头部ERP成功定制的3UCS ERP（XBS）花了不足3月，在xPlus基础上开发的工业互联网平台xWorks内置了丰富的工业互联网协议，支持SQL\NoSQL大数据存储交换等，该平台是个开放的5S平台(5S软件就是将软件应用全维度简单化的软件系统)，还提供了不错的开源资源拿来改改就可以用，确实挺方便的。有IT资源的可试试，关于定制可参看“分分钟快速定制您的专属个性化软件应用——BizTool自动化工具简介”
创新协作弱。数字化意味着企业亟需提升的一套创新能力。市场经济就是要创造并进而破坏既有的经济结构，这个创造和破坏的过程主要不是通过价格竞争，而是依靠创新竞争实现的。创新的业务模式，必然打破旧有格局，也面临着人员、技术、现有设备等历史包袱的挑战。数字化的集成，需要在现有基础之上实现多个系统的协作融合，推动创新应用。
人才文化缺。数字人才的短缺是企业数字化转型中面临的一大短板，仅仅掌握信息技术的专才将不再适用。同时，数字化转型也是文化重塑的过程。除了技术的更新，更重要的是敏捷、试错、反思、学习、尊重、平等、用户导向等适合数字化时代的新文化，只有自上而下形成共识，以人为本、服务于人、激发全员主动性才能转型成功。