以绵羊为例：
001、下载绵羊参考基因组
a、
b、
[root@PC1 test02]# wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/772/045/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna.gz
[root@PC1 test02]# ls GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna.gz [root@PC1 test02]# gunzip GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna.gz [root@PC1 test02]# ls GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna
002、统计基因组的大小
a、awk命令实现
[root@PC1 test02]# ls
GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna
[root@PC1 test02]# awk '$0 !~ /^>/ {sum += length} END {print sum}' GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna
2628146905
b、samtools + awk实现
[root@PC1 test02]# ls
GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna
[root@PC1 test02]# samtools faidx GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna
[root@PC1 test02]# ls
GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna
GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna.fai
[root@PC1 test02]# awk '{sum += $2} END {print sum}' GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna.fai
2628146905
003、统计N的数目
[root@PC1 test02]# ls GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna [root@PC1 test02]# grep -v "^>" GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_genomic.fna | grep -i -o "N" | wc -l 42000
。
标签：ARS,016772045.1,GCF,参考,基因组,v2.0,UI,统计,Ramb From： https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17501904.html