单细胞在线课程分享
1. 导读
本文主要分享哈弗大学的单细胞数据分析课程,该课程提供了实验设计,表达矩阵生成,QC指标评估,细胞聚类分析等课程以供学习。
2. 学习目标
- 了解设计单细胞 RNA-seq 实验时的注意事项
- 讨论获取原始单细胞 RNA 测序数据和生成计数(基因表达)矩阵所涉及的步骤
- 在工作流程的每一步计算和评估 QC 指标
- 根据表达数据对细胞进行聚类并得出存在的不同细胞类型的身份
- 不同样品和条件下的整合
3. 课程安排
3.1. Part 1
- scRNA-seq 简介
- 表达矩阵生成
3.2. Part 2
- 质量控制设置
- 质量控制
- 聚类工作流程概述
- 归一化理论和 PCA
- 标准化
3.3. Part 3
- 整合
- 聚类
- 聚类质量控制
- Marker 鉴定
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