1. 在PDB文件中,ATOM模块是记录蛋白质分子中原子坐标信息的模块,每一行代表一个原子的坐标信息。
如下图所示是pdb文件的部分内容:
第一列:记录原子的标识号;第二列:原子序号;第三列:原子名称;第四列:残基名称;第五列:链ID;第六列:残基序号;第7-9列:原子坐标;第10列:occupancy,原子占位率;第11列:tempFactor,又称“b-factor”;第12列:原子的元素
2. 以色氨酸(W)残基为例解读每个原子的位置
以氨基酸骨架上的N原子(蓝色)为起始,与之相连的C原子定义为CA,与O原子相连的C定义为C,其他的C原子则根据与CA的距离分别定义为CB,CG,CD,CE,CZ,CH。
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