• 火山图：

logFC

Foldchange（FC）：处理组基因表达量平均值x / 对照组基因表达量平均值y

logFoldchange（logFC）：Foldchange取log₂，处理 / 对照表达量差异倍数的log值

logFC = log₂(x/y) = log(x) - log(y)：处理组表达量的log平均值log(x) - 对照组表达量的log平均值log(y) 

logFC一般在10以内，差距为2^10 = 1024倍。大多在5以内。

结论：

logFC > 0，treat > control，基因表达量上升；

logFC < 0，treat < control，基因表达量下降。

通常所说的上调、下调基因是指表达量显著上升/下降的基因。“显著”需结合P值。

如：

上调基因：logFC >  1，p < 0.01

下调基因：logFC < -1，p < 0.01

P.Value

P值越小，-log10(Pvalue) 越大，差异越显著。