首页 > 其他分享 >X-tile 寻找生存分析最佳截断值

X-tile 寻找生存分析最佳截断值

时间:2023-02-12 23:45:44浏览次数:33  
标签:截断值 生存 如下 点击 tile 三角形

有的时候我们会发现,单因素cox回归某个基因对生存有意义,当以中位值绘制生存曲线的时候,却变得没意义了。

这是因为中位值并不是这个基因最合适的截断值,因此,我们需要选择最合适的截断值。

选择截断值的软件目前比较火比较方便的便是X-tile软件。

X-tile软件长这样:

点击 Analyze 即可开始分析。

可以看到,分析所需要的数据分为三种:Censor,Survival Time,Marker。

接下来准备输入数据:

数据需要三列,列名没有要求。Censor一列为生存状态,生存为0,死亡为1。Survival Time一列为生存时间,单位为日、周、月、年均可。Marker为我们要研究的变量,这里以基因表达量为例。

数据的格式为txt(文本文件,制表符分隔)。相关代码如下:

write.table(a, file = "1.txt", row.names = F, sep = "\t")

准备好数据之后,选择文件开始分析。

将左侧的各项Load到右侧。

然后依次点击如下图:

 

得到如下五张图:

最上面一张图是各种计算值。

中间左侧一张图有一个大的三角形和一个矩形,三角形横轴表示低表达人数逐渐增加,纵坐标表示高表达人数逐渐增加。点击三角形任意位置可将总人数分成差异最大的三组,点击矩形的任意位置可将总人数分成差异最大的两组。分组的截断值展示在中间的条形图中。其生存曲线在最右侧的图中。

点击三角形的结果如下:

点击矩形的结果如下:

把cut-off值记下来,然后用R语言做生存曲线。

对于生存数据寻找截断值,上述软件可快速找到最优截断值。

 

标签:截断值,生存,如下,点击,tile,三角形
From: https://www.cnblogs.com/xiaogaobugao/p/17115017.html

相关文章

  • 生存分析之Kaplan-Meier曲线都告诉我们什么
    我们用横轴表达研究的时间轴,随着研究的开始,患者开始纳入研究:随着时间的推移,越来越多的患者加入到研究中: 继续我们的观察,开始有患者出现了我们所期待的终点事件,像这样......
  • cesium修改TileCoordinatesImageryLayer源码实现随机颜色,点选显示坐标
    cesium修改TileCoordinatesImageryLayer源码实现随机颜色,点选显示坐标。1、修改函数requestImage:实现了随机颜色的瓦片覆盖。TileCoordinatesImageryProvider.prototype.......
  • Synchronized和Volatile的对比
    Synchronized和Volatile是并发中的两大关键字,有相似性和不同点。Synchronized更详细介绍参考https://www.cnblogs.com/spark-cc/p/17069585.htmlvolatile简单来说就是轻......
  • supertiler优化
        两年前研究过一个supertiler的项目,之前只是简单优化了下,最近有新的思路进行优化。在此总结下范围过滤functiongetExtent(data){letxmin=Infinity;......
  • 看一遍就懂,详解java多线程——volatile
    多线程一直以来都是面试必考点,而volatile、synchronized也是必问点,这里我试图用容易理解的方式来解释一下volatile。来看一下它的最大特点和作用:一使变量在多个线程间可见......
  • 【互联网生存法则】互联网打工人的一天
    锅鱼饼坑水剑......
  • 单例模式为什么要加volatile修饰?
    单例模式为什么要加volatile来修饰?解析:这里我们自己应该要先搞清楚面试官问的到底是什么?因为单例模式有四种实现:饿汉模式,懒汉模式,静态内部类,枚举搞清楚问的是哪一种,其......
  • 生态学建模:增强回归树(BRT)预测短鳍鳗生存分布和影响因素|附代码数据
    全文下载链接: http://tecdat.cn/?p=22482最近我们被客户要求撰写关于增强回归树的研究报告,包括一些图形和统计输出。在本文中,在R中拟合BRT(提升回归树)模型。我们的目标是......
  • TCGA代码分析流程 - 3.2 生存分析
    从分析的因素上看,有单因素分析和多因素分析。生存分析的常用的单因素分析(描述生存过程)方法有乘积极限法(Kaplan-Meier分析)和寿命表法(LifeTables),常用的多因素生存分析(......
  • 目前我国外贸企业生存现状如何?
    今天,最新的进出口贸易数据发布。海关总署9日公布的数据显示,今年前4个月,我国进出口总值12.58万亿元,同比增长7.9%。虽然整体增速有所回落,但完全在可控范围内。但是增速下的外......