001、在samtoolsflagstat对bam的统计结果中，一共有三个比对率的结果： 002、比对率结果应该以哪个为准？答案是：以3为准 003、以山羊、绵羊的fastq数据，绵羊的参考基因组进行比对测试a、如果以primarymapped对比，基本看不出两者的差异（其中S是sheep，G是goat） b、如果以

 001、命令samtoolsflagstatsample_name.sorted.bam>sample_name.flagstat.txt##基本命令  a、生成的文件是一个包含16行的文本文件： 002、(base)[b20223040323@admin2workdir]$catAsiatic1.flagstat.txt##查看统计结果622520785+0intotal

将测序后的reads与组装好的基因组做alignment（校准），这个过程就被叫做mapping。Mapping之后生成的SAM/BAM文件，可以获取readsmapping回参考基因组的信息（比如mappingrate，coverage，depth），从而评估基因组组装的质量。1.Mapping工具readsmappingtoolsIlluminaDNA-seqreadsB

 001、samtools排序报错如下：[E::bgzf_read_block]InvalidBGZFheaderatoffset2106225653 问题原因：samtools转为sam格式为bam文件格式；和bam排序samtools格式不一致： a、将sam文件转换为bam文件用的samtools版本为：(base)[sy20213040737@admin2batch1]$samtools

参考博客https://zhuanlan.zhihu.com/p/377600056https://www.jianshu.com/p/96688fecd864https://zhuanlan.zhihu.com/p/676395563查看质控#使用fastqc查看质控结果fastqc-t40-o1_rawdata_qc/0_rawdata/*.fastq.gz1>1_fastqc.log#使用MutliQC整合FastQC结果#m

 #1，我们先下载毛果杨的基因组文件和GFF注释文件，自己去NCBI下：（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000002775.5/），选Genbank的。 #2，我们将GFF文件和genomic.fna文件上传到服务器，并重命名下，Ptri_genome.gff和Ptri_genome.fa。#3，安装hisat2condainstallhisat2

官网：https://github.com/samtools/samtoolshttps://github.com/samtools/samtools/releaseshttps://github.com/samtools/samtools/blob/develop/INSTALL 安装：wgethttps://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2tar-jxvfsamtools-1.9.tar

 001、问题：conda安装samtools后调用出现如下报错：samtools:errorwhileloadingsharedlibraries:libcrypto.so.1.0.0:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectory 002、解决方法(base)[root@pc1home]#find~-name"libcrypto.so.1*"##

 001、问题conda安装samtools出现如下问题：(base)[root@pc1home]#condainstallsamtools-cbioconda 002、解决方法 

 001、(base)[b20223040323@admin1test]$lsERR2985610.sorted.markdup.bam##1线程(base)[b20223040323@admin1test]$timesamtoolsindex-@1ERR2985610.sorted.markdup.bamreal1m3.268suser1m35.792ssys0m5.750s

 001、(base)[b20223040323@admin1batch_test02]$ls##测试sam文件template.slurmtest.sam(base)[b20223040323@admin1batch_test02]$cattemplate.slurm##测试模板#!/bin/bash#SBATCH-Jxxxx#SBATCH-pCnode2##SBATCH-o%j.xxxx.r

condainstallsra-tools#先找到SRAdatabase中的基因（SRA_accessionList.csv）#批量下载基因awk'{print"prefetch"$1"&"}'SRA_accessionList.csv>run_prefetch.sh#利用awk生成代码并保存再shell文件中#将sra转换为fastqfastq-dumpxxx.sra#下载参考基因组g

 001、利用samtools计算每一个位点的测序深度[b20223040323@admin1test]$ls##测试bam文件SRR21814498.sorted.markdup.bamSRR2181

1.使用samtools去除重复[email protected]|samtoolsfixmate-m-@20--|samtoolssort-@20|samtoolsmarkdup-r-@20-->file.rmdup.bam

 目前对peak的数据处理上，发现测序深度对peak的数量有很大影响，即使做了normalization也没办法，所以这里希望从原始的bam文件开始做downsampling。参考一：DownsampleBAMfi