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[E::bgzf_read_block] Invalid BGZF header at offset 21062256536

时间:2024-08-10 23:38:43浏览次数:10  
标签:index samtools read bgzf Invalid header offset BGZF bam

 

001、samtools排序报错如下:

[E::bgzf_read_block] Invalid BGZF header at offset 2106225653

 

问题原因:samtools转为sam格式为bam文件格式; 和bam排序samtools格式不一致:

 

a、将sam文件转换为bam文件用的samtools版本为:

(base) [sy20213040737@admin2 batch1]$ samtools

Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)
Version: 0.1.20

Usage:   samtools <command> [options]

Command: view        SAM<->BAM conversion
         sort        sort alignment file
         mpileup     multi-way pileup
         depth       compute the depth
         faidx       index/extract FASTA
         index       index alignment

 

 

b、bam文件排序用的samtools版本为:

 

(base) [b20223040323@admin2 001_sheep_PAV]$ samtools

Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)
Version: 1.16.1 (using htslib 1.16)

Usage:   samtools <command> [options]

Commands:

 

版本统一后报错消失。

 

标签:index,samtools,read,bgzf,Invalid,header,offset,BGZF,bam
From: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/18352960

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