• 2024-11-05易基因: RNA-BS揭示动物不同发育阶段的mRNA m5C甲基化图谱和调控机制|Nat Commun
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。m5C是已知的RNA修饰之一,但其在mRNA中的发育动态、功能和进化仍然知之甚少。最初报道m5C在mRNA中普遍存在,但后来认识到许多最初被鉴定的位点可能假阳性。准确和系统地检测转录组范围mRNAm5C水平一直具有挑战性,缺乏对m
  • 2024-08-20【生化代谢基础笔记】RNA 合成
    第一节原核生物转录的模板和酶⚠️RNA合成需要:DNATemplate,NTP,RNApol,其他蛋白质因子,$Mg^{2+}$一、原核生物转录模板模板链(Templatestrand)VS编码链(Codingstrand)模板链为合成模板另一股单链为编码链,mRNA碱基序列与编码链一致二、RNA聚合酶催化RNA的合成
  • 2024-08-15易基因:RNA修饰N4-乙酰胞苷(ac4C)的调控机制、检测方法及其在癌症中的作用最新研究进展
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。N4-乙酰胞苷(ac4C)是一种高度保守的化学修饰,广泛存在于真核和原核生物RNA中,如tRNA、rRNA和mRNA。这种修饰与多种人类疾病显著相关,尤其是癌症,其形成主要依赖于N-乙酰转移酶10(NAT10)(唯一已知ac4C的writer蛋白)的催化活性。
  • 2024-07-30易基因:m6A/m5C/m1A/m7G/ac4C/Ψ等8种RNA修饰的生物学功能和潜在机制
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。RNA修饰近来已成为热门话题,它们通过影响RNA生成、转运、功能和代谢等过程,是细胞生物学的关键调节因子。本文介绍了包括N6-甲基腺苷(m6A)、5-甲基胞嘧啶(m5C)、N1-甲基腺苷(m1A)、N7-甲基鸟苷(m7G)、N4-乙酰胞嘧啶(ac4C)、假尿苷
  • 2024-05-23易基因:MeRIP-seq揭示METTL3介导m6A修饰增加Hspa1a稳定性以抑制细胞衰老 | 研究速递
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。老年骨质疏松症主要由成骨细胞功能衰减引起,进而导致骨量减少和骨重塑过程破坏。目前许多研究表明m6A修饰在骨质疏松症的调控中发挥着重要作用,但大多数研究集中在骨髓间充质干细胞(BMSCs)分化的作用上,而m6A对成骨细胞
  • 2024-03-20易基因:MeRIP-seq揭示m6A修饰在肺动脉高压(PAH)发病机制中的潜在作用和新治疗靶点|项目文章
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。肺动脉高压(pulmonaryarterialhypertension,PAH)是一种不可逆的心血管疾病,其特征是肺血管阻力进行性增加,最终导致肺动脉高压和右心衰竭。PAH主要成因包括血管收缩、肺血管重塑和细胞外基质(ECM)沉积。肺血管重塑主
  • 2024-03-03基因序列中的一些名词区别
      1.基因分为编码区和非编码区,编码区包含外显子和内含子,一般非编码区具有基因表达的调控功能,如启动子在非编码区。编码区则转录为mRNA并最终由外显子部分翻译成多肽(蛋白质)。2. 内含子(intron)是真核生物细胞DNA中的间插序列。这些序列被转录在前体RNA中,经过剪接被去除,最终不存
  • 2024-01-31DNA mRNA结构
    DNA结构 及其与mRNA的关系  Pre-mRNA到成熟mRNAProteinCodingRegion=CDS    
  • 2023-12-282023十大前沿科技趋势揭秘!看看有你熟悉的领域吗?(下)
    点击查看原文:2023十大前沿科技趋势揭秘!看看有你熟悉的领域吗?(上)原创|文BFT机器人-Part3 空间计算-06 空间计算概念清晰消费级产品问世,XR全栈链路贯通空间计算,以其独特的计算维度,赋予了内容更加立体的呈现方式,近乎完美地再现了信息。业内外一致认为,空间计算将是下一代主要的计算
  • 2023-12-21易基因: RNA m7G甲基化修饰的生物学功能及其在癌症中的作用|综述
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。m7G修饰是RNA转录后修饰之一,存在于许多不同类型的RNA中。通过对RNA中m7G修饰的准确鉴定,揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。越来越多的证据表明,m7G修饰在癌症发生中至关重要。本文综述了m7G的检测技
  • 2023-11-07反义RNA
    AntisenseRNA与靶核酸(如mRNA或有义DNA)链互补的RNA分子,可抑制靶核酸的功能。 反义RNA,根据反义RNA的作用机制可将其分为3类:Ⅰ类反义RNA直接作用于靶mRNA的SD序列和(或)部分编码区,直接抑制翻译,或与靶mRNA结合形成双链RNA,从而易被RNA酶Ⅲ降解;Ⅱ类反义RNA与mRNA的非编码区结合,引起
  • 2023-10-31单细胞测序 doublet 二聚体
    Doublets及其形成的原因单细胞测序期望每个barcode标签下只有一个真实的细胞,但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个barcode的情况,业内称之为doublets或multiplets(后面统称为doublets)。Doublets形成的原因主要是高通量单细胞测序一般使用液滴微流控(dropletmicrofluidi
  • 2023-10-31单细胞测序 RNA velocity | RNA速率
    单细胞测序RNAvelocity|RNA速率RNAvelocity:thetimederivativeofthegeneexpressionstate—canbedirectlyestimatedbydistinguishingbetweenunsplicedandsplicedmRNAsincommonsingle-cellRNAsequencingprotocols.ahigh-dimensionalvectorthatpredic
  • 2023-08-22易基因:MeRIP-seq等揭示ALKBH5介导m6A去甲基化调控皮肤创面再上皮化分子机制
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。哺乳动物的损伤皮肤屏障完整性恢复通过创面愈合基本机制实现,这是一个包括凝血、炎症、再上皮化(re-epithelialization)、肉芽组织形成和疤痕重塑的多步骤过程。再上皮化是决定创面成功愈合的重要因素,再上皮化受损是创伤
  • 2023-08-08易基因:m5C RNA甲基转移酶及其在癌症中的潜在作用机制|深度综述
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。近年来,5-甲基胞嘧啶(m5C)RNA修饰已成为通过编码和非编码RNA调控RNA代谢和功能的关键参与者。越来越多的证据表明,m5C可以调控RNA稳定性、翻译、转录、出核和切割,以及介导细胞增殖、分化、凋亡、应激反应和其他生物学功能
  • 2023-08-07易基因:RNA-BS揭示叶酸调控神经干细胞m5C修饰和mRNA翻译机制|科研速递
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。叶酸作为一种必需B族维生素,是一种具有重要生物学功能(包括DNA甲基化调控)的甲基供体。正常的神经发育和生理对细胞叶酸水平很敏感,而叶酸缺乏或过量都可能导致神经系统疾病。最近已有研究表明叶酸与哺乳动物线粒体中tRNA
  • 2023-06-10蛋白质是如何生成的
    蛋白质的生成过程称为蛋白质合成或蛋白质生物合成,它发生在细胞内的核糖体中。蛋白质合成包括两个主要的步骤:转录和翻译。转录(Transcription):转录是指将DNA中的基因信息转录成RNA的过程。在细胞核中,DNA的两条链解开,其中一条链作为模板,由RNA聚合酶酶依据碱基配对原则合成与DNA模
  • 2023-06-10RNA组成
    RNA(核糖核酸)是一种生物分子,类似于DNA,也是由核苷酸组成的。RNA分子由三个部分组成:一个磷酸基团、一个五碳糖(核糖)以及一个氮碱基。与DNA不同的是,RNA中的糖是核糖(ribose),而不是DNA中的脱氧核糖(deoxyribose)。此外,RNA中的氮碱基有腺嘌呤(adenine,简称A)、鸟嘌呤(guanine,简称G)、尿嘧啶(ura
  • 2023-06-09【高中生物必修二】第四章 基因的表达
    第一节基因指导蛋白质的合成细胞核的DNA可以帮助合成细胞质的蛋白质,这一过程收到中间物质RNA的帮助。RNA是由核苷酸组成(脱氧核糖的2号H变为OH),碱基从T变为U。RNA一般是单链,比DNA短,因此可以通过核孔从细胞核转移到细胞质。RNA主要分为三种信使(messenger)RNA,或mRNA转运(transfer
  • 2023-05-11转录组
    转录组是指一个生物体内所有基因在特定时期和特定组织或细胞类型中表达出的所有信使RNA(mRNA)的集合。换句话说,转录组是一个生物体内所有基因的转录产物总和。转录组分析一般通过测量mRNA的水平来实现,通常使用高通量测序技术如RNA-Seq,以了解哪些基因在特定条件下被激活或抑制,并
  • 2023-05-0402Prodigal基因预测
    1、简介Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件,其缩写源于PROkaryoticDYnamicProgrammingGenefindingALgorithm,表示原核生物基因预测的动态规划算法。最早在2007年,在美国能源部联合基因组研究所(DOE)的支持下,由橡树岭国家实验室和田纳西大学诺克斯维尔
  • 2023-03-07干货系列:高通量测序后的下游实验验证方法——m6A RNA甲基化篇|易基因
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。此前,我们分享了m6ARNA甲基化研究的数据挖掘思路(点击查看详情),进而筛选出m6A修饰目标基因。做完MeRIP-seq测
  • 2023-02-01RNA-seq测序方法及数据分析
    RNA高通量测序(RNA-sequencing,缩写为RNA-seq)是目前高通量测序技术中被用得最广的一种技术。RNA-seq可以帮助我们了解:各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异。RNA-seq可
  • 2022-12-15易基因|NSUN2介导RNA m5C修饰促进食管鳞状细胞癌进展的表观调控机制 | 肿瘤研究
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。2021年8月3日,中山大学肿瘤防治中心华南肿瘤学国家重点实验室研究团队在《Oncogene》杂志发表了《NSUN2-medi
  • 2022-12-07易基因|m6A去甲基化酶ALKBH5通过降低PHF20 mRNA甲基化抑制结直肠癌进展 | 肿瘤研究
    易基因|m6A去甲基化酶ALKBH5通过降低PHF20mRNA甲基化抑制结直肠癌进展 |肿瘤研究大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。2022年8月17日,北京