想要了解GROMACS的可以看过来，自己摸索了一个月才搞明白一点点，网上很多信息根本看不下去，都是专有名词，直接劝退，老是讲不到重点，看完下面这个故事你应该能听懂了，具体gromacs怎么用还是要学，这里能让你快速认识gromacsGROMACS运行起来需要那些文件：体系结构文件gro（），top文件，itp文件，mdp

1、首先安装好gcc套件、gcc-toolset-9、cmake、nvidia_driver、cuda、openmpi等软件；2、解压gromacs的源码包；3、编译：a.节点内并行多线程版本，首先sclenablegcc-toolset-9bash加载gcc9以支持C++17特性，cdgromacs-2024.2&&mkdirbuild&&cmake…/-DGMX_BUILD_OWN_FF

关键词：Gromacs、MM-PBSA、结合能、受体、配体当前，Gromacs已经被广泛应用在生物，材料等领域的模拟计算，其便捷、灵活等特点受到广泛研究人员的青睐。在模拟领域，至关重要的一类问题是计算体系内的自由能。例如两个蛋白之间、蛋白和纳米材料之间、蛋白和配体之间的相互作用能的准确计算

    ===============================================   二、GROMACS安装和运行实例HPC平台提交任务脚本：DSUB脚本的使用参数简介：       ================================================        GROMACS测试用例：gitclonehttps://github.com/OSGConne

Gromacs是目前广泛使用的分子模拟软件，其在生物、材料等领域的模拟表现出较为突出的优势。之前，本公众号介绍过一系列体系的模拟以及gromacs的使用办法和教程。本次，将为大家介绍一种进阶版的模型构建方法。在之前的介绍中，我们了解到可以通过insert-molecules和editconf等命令构建模拟