- 2024-08-20GROMACS 初学者入门理解-讲故事
想要了解GROMACS的可以看过来,自己摸索了一个月才搞明白一点点,网上很多信息根本看不下去,都是专有名词,直接劝退,老是讲不到重点,看完下面这个故事你应该能听懂了,具体gromacs怎么用还是要学,这里能让你快速认识gromacsGROMACS运行起来需要那些文件:体系结构文件gro(),top文件,itp文件,mdp
- 2024-08-01Gromacs-2024.1 GPU版本编译,--以RockyLinux系统为例
1、首先安装好gcc套件、gcc-toolset-9、cmake、nvidia_driver、cuda、openmpi等软件;2、解压gromacs的源码包;3、编译:a.节点内并行多线程版本,首先sclenablegcc-toolset-9bash加载gcc9以支持C++17特性,cdgromacs-2024.2&&mkdirbuild&&cmake…/-DGMX_BUILD_OWN_FF
- 2024-01-04通过使用Gromacs和MM-PBSA计算结合能
关键词:Gromacs、MM-PBSA、结合能、受体、配体当前,Gromacs已经被广泛应用在生物,材料等领域的模拟计算,其便捷、灵活等特点受到广泛研究人员的青睐。在模拟领域,至关重要的一类问题是计算体系内的自由能。例如两个蛋白之间、蛋白和纳米材料之间、蛋白和配体之间的相互作用能的准确计算
- 2023-11-15大连人工智能计算中心——高性能计算平台使用指南
=============================================== 二、GROMACS安装和运行实例HPC平台提交任务脚本:DSUB脚本的使用参数简介: ================================================ GROMACS测试用例:gitclonehttps://github.com/OSGConne
- 2023-10-02Gromacs模拟体系构建----进阶版
Gromacs是目前广泛使用的分子模拟软件,其在生物、材料等领域的模拟表现出较为突出的优势。之前,本公众号介绍过一系列体系的模拟以及gromacs的使用办法和教程。本次,将为大家介绍一种进阶版的模型构建方法。在之前的介绍中,我们了解到可以通过insert-molecules和editconf等命令构建模拟