1、首先安装好gcc套件、gcc-toolset-9、cmake、nvidia_driver、 cuda、openmpi等软件;
2、解压gromacs的源码包;
3、编译:a.节点内并行多线程版本,首先scl enable gcc-toolset-9 bash 加载gcc9以支持C++17特性,cd gromacs-2024.2 && mkdir build && cmake …/ -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=CUDA -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs-24 && make -j,等待进度走完即完成编译;
make install 即可将gromacs安装到指定位置,使用时source /opt/software/gromacs-24/bin/GMXRC.bash && gmx --version 查看
b.mpi多节点并行版本:cmake …/ -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=CUDA -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromcs-mpi && make -j
4、enjoy your work!