• 2023-05-07高通量测序分析工具Bedtools使用介绍
    Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合,其主要功能如下:bedtools:flexibletoolsforgenomearithmeticandDNAsequenceanalysis.usage:bedtools<subcommand>[options]Thebedtoolssub-commandsinclude:[Genomearithmetic]intersectFindove
  • 2023-05-07bash 字符串处理
    本篇是我最开始学习Linux命令时看的一篇帖子,最早见于ChinaUnix(这次查找其出处时发现2002年就有这篇)。学习过程中,转载到我的博客,遇到问题就查一下。这次看到,把格式整理了,部分内容做了校对,增加了解释和示例,分享于此,也是对之前16篇Linux入门和生物信息常用Linux命令文章(包括最基
  • 2023-05-07Linux学习 - awk使用
    Linux学习系列文章是生信宝典最开始主推的一块,力图从一个新额视角帮助初学者快速入门Linux系统,熟悉Linux下的文件和目录,文件操作,文件内容操作。而且教程摒弃了完美操作,列举出常见错误和解决方式,管道、标准输入输出解惑Linux下多种信息输出方式。在文件排序和FASTA文件操作中简述
  • 2023-05-07为啥我的Python这么慢 (一)
    长假结束了,这不痛苦。痛苦的是长假结束了,发现写的基因组读取程序还没运行完?在Python系列教程中,我们提到一个概念字符串是不可修改的。这一点可以通过id函数来判断确实是对的。但是这个概念会对我们写作程序有什么影响一直没有特别深的理解。直到有一次,实验室一个朋友要读基因组数据
  • 2023-05-07Linux学习 - 常用和不太常用的实用awk命令
    Linux学习系列文章是生信宝典最开始主推的一块,力图从一个新额视角帮助初学者快速入门Linux系统,熟悉Linux下的文件和目录,文件操作,文件内容操作。而且教程摒弃了完美操作,列举出常见错误和解决方式,管道、标准输入输出解惑Linux下多种信息输出方式。在文件排序和FASTA文件操作中简述
  • 2023-04-28PATH和path,傻傻分不清
    习惯了Windows电脑下的所见即所得,找到程序或文件双击即可运行或打开;于是我们被惯得以为电脑会像人一样聪明,给他一个名字就可以运行程序或打开文件;于是在命令行下或程序里不断碰壁,为啥这个命令不运行了呢?我们不能太高估电脑(或操作系统),不要以为只要输入一个程序名或文件名,电脑(或操作