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PATH和path,傻傻分不清

时间:2023-04-28 11:32:26浏览次数:43  
标签:metagenome 傻傻 ehbio cell train YSX path PATH


习惯了Windows电脑下的所见即所得,找到程序或文件双击即可运行或打开;于是我们被惯得以为电脑会像人一样聪明,给他一个名字就可以运行程序或打开文件;于是在命令行下或程序里不断碰壁,为啥这个命令不运行了呢?

我们不能太高估电脑(或操作系统),不要以为只要输入一个程序名或文件名,电脑(或操作系统)就可以满硬盘的去找这个文件在哪;这一来效率太低了,二来重名了怎么办?比如有2个文件都叫“子房.txt”,一个存储汉初三杰之张良,一个存储被子植物生长种子的器官;可能打开前我们自己也不知道要开哪个吧。

PATH和path,傻傻分不清_bash

想一下,我们在Windows下寻找文件时,是不是先打开我的电脑,然后打开D盘,打开学习目录,再打开学习计划.docx这个文件。即便我们从来没有执行过这个计划,每天我们还是不厌其烦的一层层打开然后制定新的计划。只是,我们忽略了这个一层层打开。

path我们一般指文件的路径,也就是一层层打开的过程。以Linux为例:

我们要查看一个在自己家目录下的文件 I_am_home.txt,那登录后,直接可见:

YSX@ehbio:~$ tree
.
├── I_am_home.txt
└── train
    ├── amplicon
    │   └── pipeline_amplicon.sh
    ├── metagenome
    │   └── pipeline_metagenome.sh
    ├── population_genomics
    │   └── pipeline_gatk.sh
    ├── single_cell
    │   ├── Scanpy.ipynb
    │   └── Seurat.Rmd
    └── transcriptome
        └── pipeline_salmon.sh
YSX@ehbio:~$ head I_am_home.txt
I am home!

那如果想看Seurat.Rmd,怎么查看?一步步找下去就对了。

YSX@ehbio:~$ less Seurat.Rmd
Seurat.Rmd: 没有那个文件或目录
YSX@ehbio:~$ less train/Seurat.Rmd
train/Seurat.Rmd: 没有那个文件或目录
YSX@ehbio:~$ less train/single_cell/Seurat.Rmd

也可以一步步先做目录切换,然后再查看

YSX@ehbio:~$ cd train
YSX@ehbio:~/train$ cd single_cell/
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ less Seurat.Rmd

那如果你这时你想运行pipeline_metagenome.sh快速分析宏基因组数据怎么办?

YSX@ehbio:~/train/single_cell$ pipeline_metagenome.sh
-bash: pipeline_metagenome.sh: 未找到命令

pipeline_metagenome.sh命令去哪儿了?上面我们都看到了,就在metagenome目录下,为啥电脑(操作系统)这么笨却找不到?另外为什么运行head就可以找到?难道有一些黑魔法在里面?

确实是有一些黑魔法的,不过我们一般称之为规则

操作系统为了便捷性和安全性,定义了一系列环境变量,存储常用信息,PATH (注意全是大写)是其中一个。

PATH: 是存放有(可执行)命令和程序的目录集合;在操作系统接到用户输入的命令时,会对PATH存储的目录进行查找,看下是否有与用户输入的命令同名的文件存在,而且是从前到后一个个查找,而且是查到就停,最后查不到就报错。(从这几个加粗的文字,可以看到操作系统很懒,当然懒是好的程序员的必备属性。)

我们先看下PATH里面存了哪些目录?

YSX@ehbio:~/train/single_cell$ echo $PATH
/usr/bin:/usr/local/bin

在我们前面输入head命令时,操作系统收到回车指令后,先去看下$PATH里面有哪些目录,然后从第一个/usr/bin开始寻找,很幸运,一下找到了/usr/bin/head文件,尝试运行,成功。所以在这个情况下,我们输入head等同于输入/usr/bin/head。那这个会不会给我们一些启发呢?

我们只要提供pipeline_metagenome.sh的路径就可以运行了。

# 相对路径
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ ../metagenome/pipeline_metagenome.sh
# 绝对路径
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ ~/train/metagenome/pipeline_metagenome.sh
# 再绝对一些
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ /home/YSX/train/metagenome/pipeline_metagenome.sh

程序可以运行了,但是不是写起来太麻烦了?既然head可以只写命令,系统就可以帮着我们去找,那么我们是否也可以把/home/YSX/train/metagenome/放到PATH里面。这就是如何去设置环境变量了。

# 给原变量PATH后面加一个路径(绝对路径),冒号(:)分割
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ PATH=$PATH:/home/YSX/train/metagenome/
# 导出变量,使其对系统(Shell)可见
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ export PATH
# 上面两句可以合并为一句,如下:
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ export PATH=$PATH:/home/YSX/train/metagenome/
# 再次运行,可以运行了
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ pipeline_metagenome.sh
# 看下PATH存储的目录,多了我们的新增
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ echo $PATH
/usr/bin:/usr/local/bin:/home/YSX/train/metagenome/

这样就新增一个目录到环境变量里面了,可以依次继续增加更多目录。

YSX@ehbio:~/train/single_cell$ export PATH=$PATH:/home/YSX/train/metagenome/:/home/YSX/train/amplicon/

有时我们也会看的这样的写法:export PATH=my_path:$PATH,这与export PATH=$PATH:my_path有什么区别呢?

回顾下这几个关键字:从前到后查到就停。写出官话就是:PATH中越靠前的路径优先级越高。这有什么用处呢?

比如,一般的操作系统都会有系统的pythonR,通常版本比较老,我们作为普通用户也没权限修改。

那怎么办?自己装一份,然后用自己的,这时就涉及到优先级问题了。

假如我在/home/YSX/soft/anaconda/bin下安装了一个python,那么我需要设置优先调用我自己的python,设置环境变量时,我就得把/home/YSX/soft/anaconda/bin放到前面,如export PATH=/home/YSX/soft/anaconda/bin:$PATH。如果反过来写,就/usr/bin/python优先被调用了。

# which 常用工具,查看当前调用的程序的具体来源
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ which python
/usr/bin/python
# 优先调用自己的python
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ export PATH=/home/YSX/soft/anaconda/bin:$PATH
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ which python
/home/YSX/soft/anaconda/bin/python

环境变量学会怎么设置了,关机,下班,睡觉。

第二天早上起来,打开电脑,再运行程序

YSX@ehbio:~/train/single_cell$ which python
/usr/bin/python
YSX@ehbio:~/train/single_cell$ pipeline_metagenome.sh
-bash: pipeline_metagenome.sh: 未找到命令

结果发现昨天的设置都无效了,去生信宝典群里提问 “有谁对Linux比较精通?”。半晌,无人响应,敢说自己精通的不多。

后来,有好心人回复“你遇到什么问题,具体描述下?”

经过半个小时的沟通,理清了,关键点:环境变量设置后失效了,怎么长期有效?

如果早这么问,估计程序都运行完了。

这时需要用到另一个规则: 登录远程服务器时,系统会自动运行~/.bash_profile里面的命令,所以把前面写的这句话export PATH=/home/YSX/soft/anaconda/bin:$PATH:/home/YSX/train/metagenome/:/home/YSX/train/amplicon/放到文件~/.bash_profile里面就好了。

文件输入后,不要忘记source ~/.bash_profile使设置生效(当然,关掉登录窗口,再次登录也可以)。

以上就是Linux系统的环境变量设置,Windows系统的环境变量择日再推一期,喜欢的话不妨多多关注。

其它被忽略的事情

  1. 软件可执行属性
  2. 其它环境变量
  • 环境变量PATH:
    定义可执行程序的目录
  • LD_LIBRARY_PATH:
    定义动态库的目录
  • PYTHONPATH:
    定义Python包的目录
  • PERL5LIB:
    定义Perl模块的目录
  1. .bashrc和.bash_profile
  • ~/.bashrc本地登录时读取 (文件若无,可新建)
  • ~/.bash_profile远程登录时读取(文件若无,可新建)
  1. 如果想在系统层面设置环境变量,应该写到/etc/profile.d/custom.sh里面(文件若无,可新建)。
  2. 软件安装
  • Linux - 命令运行监测和软件安装
  • Linux - 应用Docker安装软件
  • Linux - Conda软件安装方法
  • Nature Method:Bioconda解决生物软件安装的烦恼
  • 手把手教你生信分析平台搭建
  • Windows轻松实现linux shell环境:gitforwindows
  • Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出


标签:metagenome,傻傻,ehbio,cell,train,YSX,path,PATH
From: https://blog.51cto.com/u_16077014/6233675

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