从你的补充信息来看，第一种和第二种radial计算方式得到的矩阵有更明确的差异。让我重新解读两种radial的计算方式，并结合你描述的结果，分别解释它们的含义。第一种算法的radial计算方式核心代码：coord_diff=coord[row]-coord[col]#[n_edge,n_channel,3]radial=t

TMscore从代码实现来看，这里的TMscore计算是通过调用外部的TMscore可执行程序完成的，输入的PDB文件包含了原子的三维坐标信息。那么具体答案可以分以下几个方面来分析：1.是否只对CA坐标进行计算答案：否。TMscore通常会基于整个PDB文件中所有原子的坐标计算分子结构