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  • 2024-07-17全基因组DNA甲基化测序数据工作流程分析和性能评估 分析软件比较 | 生信专区
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。DNA甲基化与转录调控、基因组印记、干细胞分化、胚胎发育和炎症等过程有关。DNA甲基化异常可能揭示疾病状态,包括癌症和神经系统疾病。因此,人类基因组中5-甲基胞嘧啶(5mC)分布和位点是一个重要的研究方向。全基因组重亚
  • 2024-07-15易基因:表观多组学揭示SETDB1调控神经前体细胞的短散在核元件和染色质环构象
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。转座元件(TE)在神经发育期间的维持基因组结构中起着关键作用。短散在核元件(ShortInterspersedNuclearElements,SINE)是转座元件的主要亚型,已知含有CCCTC结合因子(CTCF)的结合位点,并在调控染色质构象中具有重要作用
  • 2024-07-14力扣-187. 重复的DNA序列
    1.题目题目地址(187.重复的DNA序列-力扣(LeetCode))https://leetcode.cn/problems/repeated-dna-sequences/题目描述DNA序列 由一系列核苷酸组成,缩写为 'A', 'C', 'G' 和 'T'.。例如,"ACGAATTCCG" 是一个DNA序列。在研究DNA时,识别DNA中的重复序列非常有用。
  • 2024-07-10微量样本及单细胞DNA甲基化研究如何发高分SCI文章(特别适用珍稀样本)
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。单细胞及微量样本的DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术。传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。易基因建立了一系列微量及单细胞甲基化检测方法,可对于不同项目需
  • 2024-07-02文献翻译1——Hill numbers在基于DNA的多样性分析中的应用指南
    英文题目:AguidetotheapplicationofHillnumberstoDNA‐baseddiversityanalyses中文题目:Hillnumbers在基于DNA的多样性分析中的应用指南摘要:随着DNA测序技术的发展,我们测定生物多样性的方式正在发生翻天覆地的变化(aradicalshift)。人们也越来越意识到,有必要在
  • 2024-07-02易基因:番茄果实采后处理成熟诱导的DNA甲基化和转录组综合分析 | 作物研究
    番茄果实成熟是一个复杂的生理过程,涉及关键基因的去甲基化,改变其转录水平,从而触发一系列生理事件。然而果实采摘后的处理方法,如冷藏、化学处理等,虽然能延长番茄的货架寿命,但通常可能会降低果实品质,目前尚不清楚这些过程是如何改变的。因此,研究采后处理诱导的番茄果实DNA甲基化和转
  • 2024-06-24C语言 | Leetcode C语言题解之第187题重复的DNA序列
    题目:题解:#defineMAXSIZE769/*选取一个质数即可*/typedefstructNode{charstring[101];intindex;structNode*next;//保存链表表头}List;typedefstruct{List*hashHead[MAXSIZE];//定义哈希数组的大小}MyHashMap;List*
  • 2024-06-222024.06.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学(第十七章 人类基因组 第一部分)【AI测试版】
    第一部分:人类基因组概述与测序历史(详细版)摘要:第十七章深入探讨了人类基因组的复杂性、测序历程以及其对现代科学的意义。人类基因组由约30,000至40,000个蛋白质编码基因组成,这些基因的表达和变异构成了我们生物学特征和疾病倾向的基础。本章节详细回顾了人类基因组计划的
  • 2024-06-19大脑如何通过DNA损伤与修复机制来巩固记忆?
    近日《自然》杂志刊登了一篇重磅论文,揭示了记忆形成过程中的一个关键机制——大脑如何通过DNA损伤和修复机制来巩固记忆。这一发现为我们理解记忆形成提供了全新的视角,也可能为治疗某些记忆障碍疾病提供新的思路。记忆是我们大脑中非常重要的功能之一,它使我们能够存储过去
  • 2024-06-12易基因:表观基因组分析揭示转录因子结合区DNA甲基化表征其功能和进化背景 | 研究速递
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,对调控基因组功能有多种作用。其水平在整个基因组中具有空间相关性,通常在被抑制区域较高,在转录因子(TF)结合位点(TFBS)和活性调控区域较低。然而建立全基因组和TF结合位点甲基化模
  • 2024-06-05基于Python混沌系统和DNA编码的图像加密算法
    欢迎大家点赞、收藏、关注、评论啦,由于篇幅有限,只展示了部分核心代码。文章目录一项目简介二、功能三、系统四.总结一项目简介  一、项目背景随着互联网和多媒体技术的快速发展,数字图像作为信息传递的重要媒介,在各个领域得到广泛应用。然而,图像信息的传输
  • 2024-06-05基于Python+OpenCV使用DNA编码和混沌图创建图像加密算法
    欢迎大家点赞、收藏、关注、评论啦,由于篇幅有限,只展示了部分核心代码。文章目录一项目简介二、功能三、系统四.总结一项目简介  一、项目背景与意义在数字信息时代,图像作为信息的重要载体,其安全性尤为重要。传统的图像加密方法往往存在安全性不足、加密效
  • 2024-05-21易基因:WGBS+ChIP-seq等表观组分析揭示FOXM1 是抗肿瘤免疫应答的关键调控因子
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。食管癌是一种常见的恶性肿瘤,包括两种主要的组织学亚型:食管鳞状细胞癌(squamouscellcarcinoma,ESCC)和食管腺癌(adenocarcinoma,EAC)。近两年来对抗肿瘤免疫应答机制的理解得到了显著提高,免疫检查点阻断(ICB)疗法等免疫疗
  • 2024-05-16易基因:干货|DNA甲基化测序后的后期验证方法
    易基因:干货|DNA甲基化测序后的后期验证方法大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。做完测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。DNA甲基化研究的后期验证包括简单验证、全基因组甲基化干扰实验(非靶向)、靶向目标基
  • 2024-05-15易基因: WGBS等揭示梨驯化和改良过程中DNA甲基化对果实成熟的作用机制 | 作物育种
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。梨(Pyrusssp.,蔷薇科杏仁核亚科)是世界上最重要的温带水果作物之一。与野生梨相比,栽培梨的果实在许多形态特征上表现出显著变化,包括果实大小、含糖量和核细胞含量。野生梨和栽培梨之间的比较分析可以深入了解关键表型变
  • 2024-04-28易基因:Nat Commun:RRBS测序揭示小鼠衰老过程中的DNA甲基化变化轨迹|研究速递
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。DNA甲基化数据可以生成非常精确的年龄预测器,但关于这一关键表观遗传生物标志物在生命周期中的动态变化知之甚少。关于衰老不连续方面的研究仍处于起步阶段,关键的分子过程如表观基因组调控过程还有待研究。莱布尼
  • 2024-04-25CBM:Cooperative Branch Migration: A Mechanism for Flexible Control of DNA Strand Displacement
    作者引入了一种名为“协同分支迁移”(cooperativebranchmigration,CBM)的调控工具,通过调节分支迁移域的互补性来控制DNA链置换。引入的未配对域,后记为UD,作为分离互补区域的间隔物,不仅控制结合亲和力,而且控制链位移动力学。由于未配对域的存在,仅有I时,它很难将P从PS中取代。为了
  • 2024-04-15易基因:ENCODE和modENCODE联盟的ChIP-seq实验设计指南和注意事项|干货
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)实验指南和实践(ChIP-seqguidelinesandpracticesoftheENCODEandmodENCODEconsortia),由ENCODE(EncyclopediaofDNAElements)和modENCODE(ModelOrganismENCODE)联盟研究人员撰写。文
  • 2024-04-09易基因:肝脏DNA甲基化分析揭示表观遗传衰老对异生素代谢和转运基因的影响|研究速递
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。65+岁的老年人发生药物不良反应(adversedrugreactions,ADR)的可能性是年轻人的7倍。随着年龄增长,生理变化会损害身体安全处理药物的能力,从而影响ADR风险。这些变化包括肝血流量减少、止血储备下降和身体成分改变,这些都
  • 2024-04-09文献速递|估算中国人群生理年龄的DNA甲基化时钟
    标题DNAmethylationclocksforestimatingbiologicalageinChinesecohorts期刊和影响因子Protein&Cell(IF:21.1,JCRQ1,中科院大类Q1小类Q2)简介文章主要介绍了在中国人群中使用DNA甲基化时钟来估计生物年龄的研究成果。DNA甲基化可以作为生理年龄的预测指
  • 2024-04-03生物信息学数据库分类
    生物信息学数据库(一)文献数据库1、PubMed:拥有超过两百六十万生物医学文献的数据库,这些文献来源于MEDLINE,也就是生物医学文献数据库、生命科学领域学术杂志、以及在线的专业书籍。链接:PubMed(nih.gov)PubMed存在的问题(1)搜索1995年前文献中排名是为以后的作者(2)搜索1976
  • 2024-03-24【译】生命起源 II:先有鸡还是先有蛋?
    原作:Chaotropy引言:这篇文章是关于生命起源、无机起源、化学进化和RNA世界假说的系列文章中的第二篇。/机器翻译/现在让我们从另一个方向来看待进化:在今天的生命中,存在着一种高度保守的密码,我们人类与所有其他生物(无论是果蝇还是森林大象)都(部分地)共享这种密码。这个密码不是储
  • 2024-03-22易基因: WGBS+RNA-seq揭示松材线虫JIII阶段形成过程中的DNA甲基化差异
    大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。松木线虫(PWN,Bursaphelenchusxylophilus)是一种破坏性病原体,可引起松树枯萎病,感染PWN的松树最终会死亡。这种微观线虫具有复杂的生命周期,具有植食性(以植物为食)和菌丝体(以真菌为食)的发育阶段,以及不同的生命周期,包括繁殖
  • 2024-03-20187. 重复的DNA序列(中)
    目录题目题解:滑动窗口题目DNA序列由一系列核苷酸组成,缩写为'A','C','G'和'T'.。例如,"ACGAATTCCG"是一个DNA序列。在研究DNA时,识别DNA中的重复序列非常有用。给定一个表示DNA序列的字符串s,返回所有在DNA分子中出现不止一次的长度为10的序列(子字符串)
  • 2024-03-19生信项目之生信名词解释
    目录一、高通量测序与Hi-C测序二、宏基因组三、启动子,终止子,起始密码子,终止密码子四、Read,Reads,Contig,Contigs五、CDS与ORF六、测序深度与覆盖度七、进化树,分子树,系统发生树一、高通量测序与Hi-C测序高通量测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术