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编程问答
Metagenome
2023-04-28
PATH和path,傻傻分不清
习惯了Windows电脑下的所见即所得,找到程序或文件双击即可运行或打开;于是我们被惯得以为电脑会像人一样聪明,给他一个名字就可以运行程序或打开文件;于是在命令行下或程序里不断碰壁,为啥这个命令不运行了呢?我们不能太高估电脑(或操作系统),不要以为只要输入一个程序名或文件名,电脑(或操作
2023-01-08
Metagenome多样性分析&差异分析 2023.01.07
宏基因组数据组装及注释测序文件-组装(megahit,fq1fq2-A1.contigs.fa)-基因预测(prokka,A1.contigs.fa- faaffn)- 去冗余(cd-hit;faaffn- all.cds.cdhit/unigene序列文
2023-01-07
Metagenome多样性分析&差异分析 2023.01.05-01.07
多样性分析&差异分析##准备输入biom文件ln-s../01.taxon/out_S/S.biom##进行alpha多样性指数计算及绘制稀释曲线singularityexec../../software/MetaGenomeRscript.
2023-01-05
Metagenome数据库构建_物种组成_丰度估计 2023.01.04
物种组成_丰度估计***下载数据库###kraken2databasewgethttps://genome-idx.s3.amazonaws.com/kraken/k2_pluspf_8gb_20210517.tar.gztar-zxvfk2_pluspf_8gb_20210517.
2023-01-04
Metagenome宏基因组 质控 过滤 比对 去除宿主 2023.01.01-202301.02
质控过滤比对去除宿主#云硬盘挂在100Gvirtio-disk-bxgzkldx/dev/disk/by-id/virtio-disk-bxgzkldx/dataext4defaults00#uniport数据库下载wgethttps://ftp.unip
2023-01-01
Metagenome宏基因组 singularity 容器安装使用 2022.12.29 -2022.01.01
exportPATH=/home/ubuntu/software:$PATH#PATH=PWD:$PATHcondacreat-cbioconda-nname_envsfastqc#conda子环境安装fastqccondaactivatename_envs#切换到子环境