–https://stuartlab.org/signac/articles/pbmc_multiomic看文章看累了来看看代码，换换口味。本章主要涉及peakstogenes的联动。留意更多内容，欢迎关注微信公众号：组学之心数据下载：wgethttps://cf.10xgenomics.com/samples/cell-arc/1.0.0/pbmc_granulocyte_sorted_10k

 TheENCODEBlacklist:IdentificationofProblematicRegionsoftheGenomehttps://github.com/Boyle-Lab/Blacklist/tree/masterATAC-seqfootprintingunravelskineticsoftranscriptionfactorbindingduringzygoticgenomeactivationhttps://www.nature.com/ar

如何从NCBI上下载数据——使用ASCP下载数据1.下载ASCPhttps://cloud.tencent.com/developer/article/23681502.获取NCBI上的ACCESSIONIDs①.在NCBI-SRA上检索自己想要数据。②.拉到最底下，选择sendto,再选择Runselect，最后选择GO。③.进入SRARunselect页面，选择Accessi

作者，EvilGenius大家好，我们的课程已经在进行中了，需要分享给大家很多的分析资料，大家好好学习，资料很珍贵，好好保存。ATAC的主流分析内容1）Readfilteringandalignment2）Barcodecounting3）Identificationoftransposasecutsites4）Detectionofaccessiblechromatinpeaks

 没想到我是先玩了Cut&Run和单细胞ATAC-seq，搞通了再来分析ChIP-seq|ATAC-seq，因为之前接触到的数据太烂了，所以什么有意义的东西都没搞出来，又没有重复，导致分析和评估无从

1.结果处理现在我们已经处理了GreenleafATACseq双端数据，我们可以开始处理比对。首先，我们将确定ATACseq数据的预期片段长度分布。我们使用GenomicAlignments包读

1.质控在比对之前，我们建议花一些时间查看FASTQ文件。一些基本的QC检查可以帮助我们了解您的测序是否存在任何偏差，例如读取质量的意外下降或非随机GC内容。2.Gree

1.简介ATACseq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinusingsequencing)使用转座酶在测序前有效地片段化可访问的DNA（DNA可极性）。结果提供了一种绘制可访问/开

简介本课程介绍Bioconductor中的ATACseq分析。该课程由2个部分组成。这将引导您完成正常ATACseq分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peakcalling、基因组