首页 > 其他分享 >ATAC-seq | TOBIAS | footprint分析

ATAC-seq | TOBIAS | footprint分析

时间:2024-07-12 22:30:26浏览次数:13  
标签:-- ATAC bed bw TOBIAS footprint home zz950 out

 

The ENCODE Blacklist: Identification of Problematic Regions of the Genome
https://github.com/Boyle-Lab/Blacklist/tree/master

ATAC-seq footprinting unravels kinetics of transcription factor binding during zygotic genome activation
https://www.nature.com/articles/s41467-020-18035-1#Abs1

https://github.com/loosolab/TOBIAS

conda activate cutrun
pip install tobias

  

### parameter
genome=/home/zz950/reference/refdata-gex-GRCh38-2020-A/fasta/genome.fa
blacklist=/home/zz950/reference/hg38-blacklist.v2.bed
bed=/home/zz950/projects/BAF_SOX9/diffbind/keyRdata/all.ATAC.234648.peaks.bed

### create folders
out_dir_qc=0.fastqc_report
out_dir1=1.clean_fastq
# out_dir2=2.Ecoli_bam
out_dir3=3.bam
out_dir4=4.frag
out_dir5=5.bigwig
out_dir6=6.peak # do it in another script
out_dir7=7.footprinting

mkdir $out_dir7

# ######################### main loop #############################
cat $SampleCSV | while IFS="," read sample fq1 fq2; do
###################################################################

#
/home/zz950/softwares/miniconda3/envs/cutrun/bin/TOBIAS ATACorrect --bam $out_dir3/${sample}.sorted.mapped.bam \
                                --genome $genome \
                                --peaks $bed \
                                --blacklist $blacklist \
                                --outdir $out_dir7 \
                                --cores 20

/home/zz950/softwares/miniconda3/envs/cutrun/bin/TOBIAS FootprintScores --signal $out_dir7/${sample}.sorted.mapped_corrected.bw \
                                --regions $bed \
                                --output $out_dir7/${sample}_footprints.bw \
                                --cores 20

 

# filter peaks
# grep 'chr' /home/zz950/projects/BAF_SOX9/diffbind/keyRdata/all.ATAC.234648.peaks.bed > all.ATAC.234648.peaks.bed

genome=/home/zz950/reference/refdata-gex-GRCh38-2020-A/fasta/genome.fa
blacklist=/home/zz950/reference/hg38-blacklist.v2.bed
bed=/home/zz950/projects/BAF_SOX9/diffbind/keyRdata/all.ATAC.234648.peaks.bed
motif=/home/zz950/reference/JASPAR2024_CORE_vertebrates_non-redundant_pfms_jaspar.txt

/home/zz950/softwares/miniconda3/envs/cutrun/bin/TOBIAS BINDetect --motifs $motif \
				--signals DMSO_1_footprints.bw D4_1_footprints.bw \
				--genome $genome \
				--peaks $bed \

				--outdir BINDetect_output \
				--cond_names DMSO_1 D4_1 \
				--cores 20
# 				# --peak_header test_data/merged_peaks_annotated_header.txt \

  

TOBIAS PlotAggregate --TFBS BINDetect_output/SOX9_MA0077.2/beds/SOX9_MA0077.2_all.bed  --signals DMSO_1_footprints.bw D4_1_footprints.bw --output SOX9_footprint_comparison.pdf --share_y both --plot_boundaries --signal-on-x --flank 70

TOBIAS PlotAggregate --TFBS BINDetect_output/SOX8_MA0868.3/beds/SOX8_MA0868.3_all.bed  --signals DMSO_1_footprints.bw D4_1_footprints.bw --output SOX8_footprint_comparison.pdf --share_y both --plot_boundaries --signal-on-x --flank 70

TOBIAS PlotAggregate --TFBS BINDetect_output/BATF_MA1634.2/beds/BATF_MA1634.2_all.bed  --signals DMSO_1_footprints.bw D4_1_footprints.bw --output BATF_footprint_comparison.pdf --share_y both --plot_boundaries --signal-on-x --flank 70

TOBIAS PlotAggregate --TFBS BINDetect_output/JUND_MA0491.3/beds/JUND_MA0491.3_all.bed  --signals DMSO_1_footprints.bw D4_1_footprints.bw --output JUND_1_footprint_comparison.pdf --share_y both --plot_boundaries --signal-on-x --flank 70

  

参考:/home/zz950/projects/BAF_SOX9/data/atac_pipeline

 

标签:--,ATAC,bed,bw,TOBIAS,footprint,home,zz950,out
From: https://www.cnblogs.com/leezx/p/18299495

相关文章

  • 如何从NCBI上下载ATAC-seq数据
    如何从NCBI上下载数据——使用ASCP下载数据1.下载ASCPhttps://cloud.tencent.com/developer/article/23681502.获取NCBI上的ACCESSIONIDs①.在NCBI-SRA上检索自己想要数据。②.拉到最底下,选择sendto,再选择Runselect,最后选择GO。③.进入SRARunselect页面,选择Accessi......
  • 华为HCIP Datacom H12-821 卷30
    1.单选题以下关于OSPF协议报文说法错误的是?   A、OSPF报文采用UDP报文封装并且端口号是89B、OSPF所有报文的头部格式相同C、OSPF协议使用五种报文完成路由信息的传递D、OSPF所有报文头部都携带了Router-ID字段正确答案:A解析:OSPF用IP报文直接封装协议报文,协议号......
  • WPF DataContext
    后台代码:publicclassStudent{publicintId{get;set;}publicstringName{get;set;}publicintAge{get;set;}} 前台代码:<Windowx:Class="BindingTest.MainWindow"xmlns="http://schem......
  • 课前准备---多样本ATAC联合分析(封装版)
    作者,EvilGenius大家好,我们的课程已经在进行中了,需要分享给大家很多的分析资料,大家好好学习,资料很珍贵,好好保存。ATAC的主流分析内容1)Readfilteringandalignment2)Barcodecounting3)Identificationoftransposasecutsites4)Detectionofaccessiblechromatinpeaks......
  • webrtc 的datachannel在golang中的使用
    因为在发送端需要接收一些接收端的统计信息,而且具有不可丢失的需求,所以采取利用datachannel进行传输。datachannel是基于sctp协议的传输通道,sctp可提供按需可靠到达的服务,在datachannel中可以设置是否按序,是否可靠,最大重传次数,数据最大保存时间(当数据超过保存时间仍未发出时将被丢......
  • 华为HCIP Datacom H12-821 卷11
    1.多选题OSPF包括哪些报文类型?A、LinkStateDDB、HelloC、LinkStateRequestD、DatabaseDescription正确答案: B,C,D解析:在OSPF协议中,报文类型分为:hello、DD、LSR、LSU、LSAck。所以正确答案是“Hello”、“DatabaseDescription”、“LinkStateRequest”......
  • WPF DataContext order and filter via CollectionViewSource.GetDefaultView(DataCon
    //xaml<Windowx:Class="WpfApp146.MainWindow"xmlns="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/presentation"xmlns:x="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml"xmlns:d="http://schemas.mi......
  • MainWindows移动View文件夹和使用Window.DataContext单例绑定需要修改的地方
    项目结构移动文件夹后需要修改的三个地方1、App.xaml2、MainWindow.xaml3、MainWindow.xaml.cs单例绑定需要修改的地方MainWindow.xaml ......
  • python 标准库 dataclasses 使用指南
    简单使用dataclasses可以用来快速的定义数据类,并能够简单明了的指明该类所具有的属性和类型,比如,要定义一个名为Person的类,常规的写法如下:classPerson:def__int__(self,id:int,first_name:str,last_name:str,eye_color:str):self.id=idse......
  • Wpf经验技巧-使用 d:DataContext 指定 DataContext 的类型.
    VM代码:V代码(版本1):没有指定DataContext的类型,所以下面的绑定并不知道P1和P3到底是什么,也就无法在代码编辑时检测出绑定是否正确.如果写错了,只能等到程序运行并打开这个窗口时报错才能知道.V代码(版本2):通过d:DataContext指定了DataContext的类型,所以下面的绑定可以知道......