在生物信息学中，变异等位基因频率（Variant等位基因频率，VAF）是指在一个种群中，某个特定变异位点上变异等位基因出现的频率，常见的计算VAF的方法如下：1.基于测序深度的计算方法原理：通过统计变异位点的测序深度以及变异等位基因的支持reads数来计算VAF。测序深度是指在该位

作者，EvilGenius单细胞检测变异的分析已经分享了很多，全部发的高分文章。日前外显子的课程已经安排上了，但是不一定能上，可能外显子分析对大家来讲不太重要吧，但更可能是大家都会分析，不管上不上，先好好备课吧（正好也偷个懒）。不过提醒大家一句，正因为做的人少，才是机会，表达信息的分析

背景血缘系数、亲缘系数、近交系数等表征亲缘关系的统计量，在遗传学中经常使用。然而，这些概念很容易混淆。下面是几个概念的区别。注意的是，这些名词大多由英文翻译而来，而不同地方的中文翻译可能会有所差异，以英文名词为准。介绍之前简单说一下同源性（IdentitybyDescent,IBD）的概

在群体遗传学中，一个非常重要的概念是关注谱系的汇聚（遗传线索的汇合），当我们回溯过去几代人口时。在之前的博客中，我们几乎只处理了随时间推移基因变化的“正向”模拟。群体遗传学_tRNA做科研的博客-CSDN博客然而，通过时间逆向建模等位基因频率变化不仅是一个有趣的视角，当你知道

Tajima'sDTest已经开发了几种中性检验，用于识别模型假设的潜在偏差。在这里，我们将说明一种有影响力的中性检验，即Tajima'sD（Tajima1989）。Tajima'sD通过比较数据集中的两个

介绍一篇RajeevKumarVarshney于2021年在TrendsinPlantScience专题《养活世界：植物育种的未来》上的综述，强调了基因组学辅助育种（genomics-assistedbreeding,GAB）的作用和意义。关于RajeevKumarVarshney，他在基因组测序、利用遗传多样性、基因组学辅助育种、种子系统和发展

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。研究人员已经在多种植物物种中观察到在杂交过程中跨染色体间互作而导致DNA甲基化变化。然而，这些互作的原因或结果知之甚少。2023年12月18日，佛罗里达大学微生物学和细胞科学系meixiaZhao等人在《PlantPhysiology》

在全基因组选择（GS）中，通常使用基因分型数据，这些数据来源于一个组织或个体的DNA。这些数据通常是由高通量测序或基因分型技术得到的。为了将这些数据用作神经网络的输入，我们需要将它们转换为合适的格式。以下是这一过程的详细步骤：基因分型数据:通常，基因分型数据表示为二进制或三类

 单体型（haplotype）也称单倍型，简单说就是一条染色体紧密相连的两个或两个以上基因座上一组等位基因的基因型，通常作为一个单位遗传。如一条染色体上HLA各位点的基因组合。HLA有多个基因座，每个基因座上有多个等位基因，一些基因座上的特定等位基因经常连锁在一起共同通过减数分裂传递给

动动发财的小手，点个赞吧！简介ABBABABA统计（也称为“D统计”）为偏离严格的分叉进化历史提供了简单而有力的测试。因此，它们经常用于使用基因组规模的SNP数据（例如来自全基因组测序或RADseq）来测试基因渗入。在本次实践中，我们将结合使用可用软件和一些用R从头编写的代码来执行