py4cytoscape中基于身份的边缘加权Spring嵌入式布局

我正在尝试使用 Cytoscape 自动创建网络。具体来说，我想使用基于 py4cytoscape 的边缘加权 Spring 嵌入式布局。虽然可以在 Cytoscape 中手动使用此布局（布局 > 边缘加权 Spring 嵌入式布局 > 身份），但我一直无法找到以编程方式实现它的脚本。

我向 Cytoscape 提供包含所有必要信息的 GML 文件。 GML 文件的结构如下：

graph [
  node [
    id 0
    label "labelname1"
  ]
  node [
    id 1
    label "labelname2"
  ]
  node [
    id 2
    label "labelname3"
  ]
  ...
  node [
    id 2125
    label "labelnamex"
  ]
  edge [
    source 0
    target 0
    identity 100.0
  ]
  edge [
    source 0
    target 1
    identity 44.4
  ]
  edge [
    source 0
    target 2
    identity 32.9
  ]
  ...
]

以下是 Cytoscape 中可用的布局：

['attribute-circle', 'stacked-node-layout', 'attribute-grid', 'degree-circle', 'circular', 'attributes-layout', 'kamada-kawai', 'force-directed', 'cose', 'grid', 'hierarchical', 'fruchterman-rheingold', 'isom', 'force-directed-cl'] 

每个布局都有不同的属性，可以使用命令检索：

p4c.get_layout_property_names('...') 

例如：

p4c.get_layout_property_names('kamada-kawai')

['m_averageIterationsPerNode',
 'm_nodeDistanceStrengthConstant',
 'm_nodeDistanceRestLengthConstant',
 'm_disconnectedNodeDistanceSpringStrength',
 'm_disconnectedNodeDistanceSpringRestLength',
 'm_anticollisionSpringStrength',
 'm_layoutPass',
 'singlePartition',
 'unweighted',
 'randomize']

或| ||您能帮我找到或创建一个脚本，使用 py4cytoscape 或 py2cytoscape 基于身份应用边缘加权 Spring 嵌入式布局吗？

p4c.get_layout_property_names('force-directed')

['numIterations',
 'defaultSpringCoefficient',
 'defaultSpringLength',
 'defaultNodeMass',
 'isDeterministic',
 'singlePartition']

Could you help me find or create a script that applies the Edge-weighted Spring Embedded Layout based on identity using py4cytoscape or py2cytoscape?

不幸的是，虽然 Cytoscape 中可以通过图形用户界面访问“边缘加权弹簧嵌入布局”，但它似乎并没有在 py4cytoscape 或 py2cytoscape 中以“force-directed”布局名称公开。这两个库主要包装了 Cytoscape 的核心功能和一些更常用的布局。

但是，可以通过以下两种方法来实现的目标：

1. 使用 Cytoscape 的命令行接口（CLI）：

• Cytoscape 的命令行接口提供了更大的灵活性，可以使用它来应用“边缘加权弹簧嵌入布局”。

• 首先，需要在 Cytoscape 中安装“命令行接口”应用程序。

• 然后，可以使用 subprocess 模块从 Python 脚本中调用 Cytoscape 命令。

• 以下是一个示例脚本，演示了如何加载网络，应用布局并将其保存：

  ```python import subprocess

  cytoscape_path = "/path/to/cytoscape.sh" # 替换为的 Cytoscape 安装路径 network_file = "your_network.gml"

  # 使用命令行接口加载网络 subprocess.run([cytoscape_path, "-N", network_file])

  # 应用边缘加权弹簧嵌入布局 command = [ cytoscape_path, "-C", "layout edge-weighted-spring-embedded default edge.identity" ] subprocess.run(command)

  # 保存结果 subprocess.run([cytoscape_path, "-S", "output_network.gml"]) ```

2. 使用其他 Python 库实现类似的布局：

• 可以使用其他 Python 库（如 NetworkX 或 igraph）来实现类似于“边缘加权弹簧嵌入布局”的布局算法。

• 这些库提供了各种布局算法和选项，可以根据的需要进行调整。

• 例如，在 NetworkX 中，可以使用 spring_layout 函数并通过 weight 参数指定边缘权重：

  ```python import networkx as nx

  # 从 GML 文件加载网络 graph = nx.read_gml("your_network.gml")

  # 应用弹簧嵌入布局，使用“identity”属性作为边缘权重 pos = nx.spring_layout(graph, weight="identity")

  # 使用布局坐标更新节点属性 nx.set_node_attributes(graph, pos, "pos")

  # 保存结果 nx.write_gml(graph, "output_network.gml") ```

希望这些方法能够帮助实现的目标！