离线迁移conda环境后xesmf导入出现问题

离线迁移conda环境（使用conda pack）后，在新平台上，导入xesmf时出错：

Traceback (most recent call last).
File "/home/xxx/miniconda3/envs/nc2p/lib/python3.11/site-packages/esmpy/interface/loadESMF.py", line 144, in
_ESMF = ct.CDLL(os.path.join(libsdir,'libesmf_fullylinked.so'),
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/xxx/miniconda3/envs/nc2p/lib/python3.11/ctypes/init.py", line 376, in init
self._handle = _dlopen(self._name, mode)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: /home/conda/feedstock_root/build_artifacts/esmf_1677849384616/h_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold placeh/lib/libesmf_fullylinked.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Traceback (most recent call last).
File "/home/xxx/miniconda3/envs/nc2p/lib/python3.11/site-packages/esmpy/interface/loadESMF.py", line 144, in
_ESMF = ct.CDLL(os.path.join(libsdir,'libesmf_fullylinked.so'),
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/xxx/miniconda3/envs/nc2p/lib/python3.11/ctypes/init.py", line 376, in init
self._handle = _dlopen(self._name, mode)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
OSError: /home/conda/feedstock_root/build_artifacts/esmf_1677849384616/h_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold placeh/lib/libesmf_fullylinked.so: cannot open shared object file: No such file or directory

我知道迁移环境后操作系统路径有问题，那么如何更改LINK路径？我已经在新平台上成功部署了 ESMF。

My libesmf_fullylinked.so is in /home/xxx/miniconda3/envs/nc2p/lib/libesmf_fullylinked.so in python and /home/xxx/xx/esmf-8.6.0/lib/libO/Linux.intel.64.mpiuni.default in ESMF

你遇到的问题是 xesmf 依赖的 ESMF 库链接路径在迁移后不正确。

你可以尝试以下几种方法解决：

方法一：设置环境变量

1. 找到 libesmf_fullylinked.so 的正确路径 : 根据你的描述，它位于 /home/xxx/miniconda3/envs/nc2p/lib/ 或 /home/xxx/xx/esmf-8.6.0/lib/libO/Linux.intel.64.mpiuni.default 。
2. 设置 LD_LIBRARY_PATH 环境变量 : 将 libesmf_fullylinked.so 所在路径添加到 LD_LIBRARY_PATH 环境变量中。 你可以在终端执行以下命令：

bash export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/xxx/miniconda3/envs/nc2p/lib/

或者

bash export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/xxx/xx/esmf-8.6.0/lib/libO/Linux.intel.64.mpiuni.default

注意 : 将上述命令中的路径替换为你的实际路径。 这条命令只在当前终端会话有效。 为了使更改永久生效，你需要将这条命令添加到你的 shell 配置文件（例如 ~/.bashrc 或 ~/.zshrc ）中。

1. 重新激活conda环境 : bash conda deactivate conda activate nc2p

方法二：修改 esmpy 的配置文件

1. 找到 esmpy 的安装路径 : 你可以使用以下命令找到它:

   python import esmpy print(esmpy.__path__)

   这将会打印出类似 /home/xxx/miniconda3/envs/nc2p/lib/python3.11/site-packages/esmpy 的路径。

2. 修改配置文件 : 在 esmpy 的安装路径下找到 interface 文件夹， 然后打开 loadESMF.py 文件。 找到以下代码行：

   python _ESMF = ct.CDLL(os.path.join(libsdir,'libesmf_fullylinked.so'),

   将它修改为：

   python _ESMF = ct.CDLL('/home/xxx/miniconda3/envs/nc2p/lib/libesmf_fullylinked.so')

注意 : 将上述代码中的路径替换为你的 libesmf_fullylinked.so 的实际路径。

1. 保存文件并重新启动 Python : 保存对 loadESMF.py 文件的修改，然后重新启动你的 Python 解释器或 IDE。

方法三：使用 patchelf 修改链接路径

patchelf 可以直接修改可执行文件或库文件的依赖库路径。

1. 安装 patchelf :

   bash sudo apt install patchelf # Ubuntu/Debian sudo yum install patchelf # CentOS/RHEL

2. 修改 esmpy 依赖库路径 :

   bash patchelf --set-rpath '$LD_LIBRARY_PATH:/home/xxx/miniconda3/envs/nc2p/lib/' /path/to/esmpy/module.so

   将 /path/to/esmpy/module.so 替换为实际的 esmpy 模块路径。

注意 : 使用 patchelf 需要谨慎，因为错误的操作可能会损坏你的文件。 建议在操作前备份你的文件。

请选择其中一种方法尝试解决问题。 如果问题仍然存在，请提供更多信息，例如你的操作系统版本，ESMF 版本，以及完整的错误信息。