无法安装 autodock vina（可能是由于 boost）

标签：python c++ boost conda

作为我正在编写的脚本的一部分，我需要安装 autodock vina 软件包以实现配体和蛋白质结合。每次我尝试“pip install vina”时，都会收到一条错误消息“ValueError：未找到 Boost 库位置！”。在尝试手动安装 boost 时，我无法运行 bootstrap 文件，因为它没有创建在线教程所说的 b2 文件夹。

为了解决这个问题，我安装了 conda，并创建了一个活动环境安装了每一个先决条件，包括升压。我已经检查了所有这些先决条件的版本并确认了它们的存在，并对我是否处于写入活动环境中进行了双重和三次检查。安装后，我要么遇到同样的问题（使用 conda install vina），要么在使用“conda install -c bioconda autodock-vina”时，收到一条消息说该包不存在（尽管添加了 cforge 和 bioconda 作为活动包处理程序），并且该包的存在在网上有明确记录）。有没有人有什么建议？我已经尝试安装这个软件三天了，我已经完全用尽了文档以及所有其他类似问题的答案，但没有任何效果。

完整的错误消息：

Collecting vina
  Using cached vina-1.2.3.tar.gz (95 kB)
  Installing build dependencies ... done
  Getting requirements to build wheel ... error
  error: subprocess-exited-with-error

  × Getting requirements to build wheel did not run successfully.
  │ exit code: 1
  ╰─> [56 lines of output]
      Version found 1.2.3 (from __init__.py)
      running egg_info
      creating vina.egg-info
      writing vina.egg-info\PKG-INFO
      writing dependency_links to vina.egg-info\dependency_links.txt
      writing requirements to vina.egg-info\requires.txt
      writing top-level names to vina.egg-info\top_level.txt
      writing manifest file 'vina.egg-info\SOURCES.txt'
      Boost library is not installed in this conda environment.
      Traceback (most recent call last):
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Programs\Python\Python310\lib\site-packages\pip\_vendor\pep517\in_process\_in_process.py", line 363, in <module>
          main()
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Programs\Python\Python310\lib\site-packages\pip\_vendor\pep517\in_process\_in_process.py", line 345, in main
          json_out['return_val'] = hook(**hook_input['kwargs'])
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Programs\Python\Python310\lib\site-packages\pip\_vendor\pep517\in_process\_in_process.py", line 130, in get_requires_for_build_wheel
          return hook(config_settings)
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\build_meta.py", line 177, in get_requires_for_build_wheel
          return self._get_build_requires(
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\build_meta.py", line 159, in _get_build_requires
          self.run_setup()
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\build_meta.py", line 174, in run_setup
          exec(compile(code, __file__, 'exec'), locals())
        File "setup.py", line 346, in <module>
          setup(
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\__init__.py", line 87, in setup
          return distutils.core.setup(**attrs)
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\_distutils\core.py", line 148, in setup
          return run_commands(dist)
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\_distutils\core.py", line 163, in run_commands
          dist.run_commands()
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\_distutils\dist.py", line 967, in run_commands
          self.run_command(cmd)
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\dist.py", line 1214, in run_command
          super().run_command(command)
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\_distutils\dist.py", line 986, in run_command
          cmd_obj.run()
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\command\egg_info.py", line 308, in run
          self.find_sources()
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\command\egg_info.py", line 315, in find_sources
          mm.run()
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\command\egg_info.py", line 550, in run
          self.add_defaults()
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\command\egg_info.py", line 587, in add_defaults
          sdist.add_defaults(self)
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\_distutils\command\sdist.py", line 228, in add_defaults
          self._add_defaults_ext()
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\_distutils\command\sdist.py", line 311, in _add_defaults_ext
          build_ext = self.get_finalized_command('build_ext')
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\_distutils\cmd.py", line 299, in get_finalized_command
          cmd_obj.ensure_finalized()
        File "C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-build-env-r7vbpka4\overlay\Lib\site-packages\setuptools\_distutils\cmd.py", line 107, in ensure_finalized
          self.finalize_options()
        File "setup.py", line 247, in finalize_options
          raise ValueError(error_msg)
      ValueError: Boost library location was not found!
      Directories searched: conda env, /usr/local/include and /usr/include.
      [end of output]

  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
error: subprocess-exited-with-error

× Getting requirements to build wheel did not run successfully.
│ exit code: 1
╰─> See above for output.

note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.

这个错误信息表明 Autodock Vina 的安装程序无法找到 Boost 库，尽管你认为它已经安装在你的 conda 环境中。

让我们一步一步地解决这个问题：

确认 Boost 在你的 conda 环境中：
激活你的 conda 环境： conda activate <你的环境名>
运行： conda list | grep boost
这应该会列出所有已安装的 Boost 包。确保它们已安装并且版本正确。
设置环境变量：

即使安装了 Boost，安装程序也可能无法识别其位置。你需要设置一些环境变量来明确指定它的位置。

查找 Boost 的安装路径：
- 运行： conda list boost | grep -oP '(?<=installed\s).+' 这应该会给出 Boost 的安装目录。
设置环境变量：
- Linux/macOS:
  - export BOOST_ROOT=<Boost 安装路径>
  - export BOOST_LIBRARYDIR=<Boost 安装路径>/lib (或者 Boost 库所在的路径)
- Windows:
  - set BOOST_ROOT=<Boost 安装路径>
  - set BOOST_LIBRARYDIR=<Boost 安装路径>\lib (或者 Boost 库所在的路径)
使用 conda-forge 安装 Autodock Vina：

conda-forge 是 conda 的一个社区维护的软件包库，拥有大量的软件包，包括 Autodock Vina。

确保 conda-forge 在你的频道列表中： conda config --add channels conda-forge
尝试使用 conda-forge 安装 Autodock Vina： conda install -c conda-forge autodock-vina
如果问题仍然存在：
尝试创建一个全新的 conda 环境并只安装 Autodock Vina 及其依赖项。这将有助于消除环境中可能存在的任何冲突。
确保你的 Python 版本与 Autodock Vina 兼容。
检查 Autodock Vina 的安装文档以获取特定于你的操作系统的任何特殊说明。

如果你能提供以下信息，可能会更有帮助：

你的操作系统
你的 Python 版本
你正在使用的 conda 版本
完整的错误消息（如果有）

通过这些信息，我可以更精确地帮助你解决问题。

标签：python,c++,boost,conda
From： 71865073

无法安装 autodock vina（可能是由于 boost）

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