使用 R 生成寿命图

我有一个记录单个细胞的寿命和生成时间的数据集，我想将其绘制如下： Example_RLS_plot 参考： https://doi.org/10.1186/s12951-022-01379 -9

这是我的示例数据集：

|   Cell   | Generation | Doubling_time |
| -------- | ---------- |-------------- |
|    1     |      1     |       40      |
|    1     |      2     |       70      |
|    1     |      3     |       80      |
|    1     |      4     |      100      |
|    1     |      5     |      100      |
|    1     |      6     |       80      |
|    1     |      7     |       90      |
|    1     |      8     |       70      |
|    1     |      9     |      190      |
|    2     |      1     |       50      |
|    2     |      2     |       90      |
|    2     |      3     |      100      |
|    2     |      4     |       90      |
|    2     |      5     |       80      |
|    2     |      6     |      160      |
|    2     |      7     |      250      |
|    2     |      8     |      170      |
|    2     |      9     |      170      |
|    3     |      1     |       60      |
|    3     |      2     |      100      |
|    3     |      3     |      100      |
|    3     |      4     |      150      |
|    3     |      5     |      100      |
|    3     |      6     |      130      |
|    3     |      7     |      120      |
|    3     |      8     |      450      |

我是 R 的超级新手，我当前的统计软件（Prism）无法处理这种类型的图。我很感谢任何包/来源的线索来帮助我生成类似的图。非常感谢!!

我尝试使用 Prism 绘制它，但它当然不如示例图那么复杂。 Prism 生成的 RLS 加倍时间 而且它也不支持排序/同步数据。很想学习如何用 R 或 Python 或任何开源工具来实现它！

library(ggplot2)
library(dplyr)

# 创建示例数据
df <- data.frame(
  Cell = c(rep(1, 9), rep(2, 9), rep(3, 8)),
  Generation = c(1:9, 1:9, 1:8),
  Doubling_time = c(40, 70, 80, 100, 100, 80, 90, 70, 190, 50, 90, 100, 90, 80, 160, 250, 170, 170, 60, 100, 100, 150, 100, 130, 120, 450)
)

# 计算累积加倍时间
df <- df %>%
  group_by(Cell) %>%
  mutate(Cumulative_time = cumsum(Doubling_time))

# 创建寿命图
ggplot(df, aes(x = Cumulative_time, y = Generation, group = Cell)) +
  geom_line(aes(color = factor(Cell))) +
  geom_point(aes(color = factor(Cell)), size = 3) +
  labs(x = "时间（分钟）", y = "代", color = "细胞") +
  theme_classic()

这将创建一个寿命图，其中：

• x 轴 表示每个细胞的累积加倍时间（分钟）。
• y 轴 表示世代数。
• 每条线 代表一个不同的细胞。
• 每条线上的点 代表细胞分裂的事件。

你可以通过调整 ggplot2 中的参数来定制绘图的外观，例如颜色、线条类型和主题。

其他提示：

• 你可以按照你的喜好更改轴标签。
• 你可以添加图例标题或完全删除图例。
• 你可以探索 ggplot2 中的不同主题以更改绘图的外观。

我希望这有帮助！如果你有任何其他问题，请告诉我。