gwas流程

gwas流程

时间：2022-11-04 09:35:07浏览次数：62

标签：gwas lddecay vcf 流程 sh 计算 FarmCPU

1.首先创建ID列表和表型文件用gwas5.sh进行FarmCPU和MLM进行关联分析(mvp_p_k.r),同时计算了PCA。
2.用lddecay.sh计算vcf的ld，储存在lddecay文件夹
3.用annovar对vcf进行注释，得到hmp.txt文件
4.通过比较QQ图发现FarmCPU模型更好，对FarmCPU得到的SNP按照阈值为0.000001进行过滤
5.用fst.sh计算籼稻粳稻中的遗传结果

标签：gwas,lddecay,vcf,流程,sh,计算,FarmCPU
From： https://www.cnblogs.com/xiaosagege/p/16856616.html

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