conda环境下安装pysctransform

要在 Conda 环境中安装一个程序的软件包，可以按照以下步骤进行操作。这里的步骤包括克隆 GitHub 仓库，安装所需的 Python 包，并最终安装 pySCTransform。

1. 创建并激活一个新的 Conda 环境

首先，创建并激活一个新的 Conda 环境以避免影响到其他项目：

conda create --name pysc_env python=3.9
conda activate pysc_env

2. 克隆仓库

使用 Git 克隆仓库：

git clone https://github.com/saketkc/pySCTransform.git

网络问题可能下载缓慢或者下载失败 尝试本地下载压缩包后 上传到服务器然后解压

unzip develop.zip

3. 进入仓库目录

进入刚刚克隆的仓库目录：

cd pySCTransform-develop

4. 安装所需的 Python 包

在 Conda 环境中使用 pip 来安装仓库中的依赖包：

pip install -r requirements.txt

如果你想确保所有依赖包都安装在 Conda 管理的环境中，也可以尝试使用 Conda 来安装依赖包（需要手动逐个包地安装）：

# 手动安装每个依赖包
conda install <package_name>

5. 安装 pySCTransform

最后，安装 pySCTransform：

pip install .

6. 验证pySCTransform

确认 pySCTransform 是否已成功安装以及其版本信息：

pip show pysctransform