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创建 Conda 环境:
conda create -n phageannotator_env python=3.8 conda activate phageannotator_env
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安装 Nextflow:
- 通过 Conda 安装 Nextflow:
conda install -c bioconda nextflow
- 通过 Conda 安装 Nextflow:
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安装 nf-core:
- 通过 pip 安装 nf-core 工具:
pip install nf-core
- 通过 pip 安装 nf-core 工具:
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下载和安装 nf-core/phageannotator:
- 使用 nf-core 工具下载 phageannotator 工作流:
nf-core download phageannotator
- 使用 nf-core 工具下载 phageannotator 工作流:
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运行 nf-core/phageannotator:
- 根据项目的需求配置和运行工作流,具体可以参考 nf-core/phageannotator 的文档。
问题:
下载失败可以执行pip install --upgrade nf-core更新再执行第三步
标签:core,nf,conda,pip,安装,phageannotator,生信
From: https://www.cnblogs.com/rainsc/p/18390850