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PyMOL测量蛋白质中两个原子或残基空间距离

时间:2024-07-18 10:20:35浏览次数:12  
标签:侧链 距离 原子 点击 PyMOL Measurement 残基

测量距离

在Pymol中实现两个原子间的空间距离测量

一、 以PDB:4hbk为例,打开PyMOL运行命令载入蛋白(也可以直接 .pdb格式导入)

 

二、点击菜单栏中的Wizard->Measurement 就可以进行距离测量。然后分别选择两个2个原子就可以显示这2个原子的距离。

比如我们想测定TYR48中侧链上的O原子到Lys77侧链N原子的距离,如下操作即可:

1. 点击Wizard->Measurement;打开了Measurement 面板,位于object list面板下方;

2. 鼠标点击TYR48侧链上的O原子 和 LYS77 侧链上面的N原子;

3. 如要测定其他2个原子的距离,鼠标继续点击选择2个原子就可以了;

4. 测定完成后,点击Measurement 面板中的done 就可以了。

效果如图所示:

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标签:侧链,距离,原子,点击,PyMOL,Measurement,残基
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