富集分析 软件 g:Profiler 用法

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• g:Profiler
• • step1：选择g:GOSt Functional profiling
  • step2：在Query中填写gene list
  • step3：
  • 结果

g:Profiler

链接: g:Profiler.

step1：选择g:GOSt Functional profiling

g:GOSt: 对基因集进行富集分析

step2：在Query中填写gene list

可以接受多种多样的输入方式。其中包括：geneid;；SNPIDs；染色体位置；GO terms。另外值得注意的是，它可以接受不同类型的输入。比如输入geneids + 染色体位置 + SNPids。

step3：

1、取消勾选Highlight driver terms in GO；
2、取消勾选 All results；
3、Statistical domain scope 选 All known genes
4、Significance threshold 选最严格的 Bonferroni correction
其余选项：
Ordered query选项，该选项将输入视为有序基因列表，并在列表开头优先考虑具有较高突变ES的基因。

5、Data sources 选 GO、KEGG

6、点击 Run query，就可以得到数据分析的结果

结果

富集分析的结果可以通过一个瀑布图和分布热图来进行可视化。同时也提供了数据结果下载的界面。
1、点击Detailed Results,可以看到详细的结果。该热图中，横轴是基因名，纵轴是生物学通路，每一行代表一个通路上的基因集。其中还有矫正后的p值和GO号。
2、如果分析人类表达量数据，建议剔除基因集小于10 的基因和大于1000的基因。选取Term Size：10~1000。
3、该结果的保存方式有三种：GEM，PNG，和CSV。我一般存成csv格式，方便画气泡图。