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如何检测bam文件的完整性

时间:2022-10-12 12:23:45浏览次数:58  
标签:K12 ## 检测 pc1 完整性 test bam root

 

001、

[root@pc1 test]# ls
E_coli_K12.sorted.markdup.bam                    ## 测试bam文件
[root@pc1 test]# samtools quickcheck E_coli_K12.sorted.markdup.bam    ## 使用samtools quickcheck命令
[root@pc1 test]# ls
E_coli_K12.sorted.markdup.bam
[root@pc1 test]# head -n 1000 E_coli_K12.sorted.markdup.bam > a.bam      ## 提取完整bam文件的一部分作为测试文件
[root@pc1 test]# ls
a.bam  E_coli_K12.sorted.markdup.bam
[root@pc1 test]# samtools quickcheck a.bam      ## 测试
a.bam was missing EOF block when one should be present    ## 不完整

 

标签:K12,##,检测,pc1,完整性,test,bam,root
From: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16784094.html

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