在对M86-S1体系进行显式溶剂模拟时的原子数为67644,而隐式溶剂模拟时的原子数为6296。原本以为隐式溶剂MD模拟要比显式的快得多,但是查看速度发现前者的速度为261 ns/day,而后者的速度为135 ns/day。
本来觉得是不是我电脑的原因,后来使用其它机器做测试,发现还是一样的情况。最后在这里找到了答案:
there is a strong reason why implicit solvent simulations are sometimes slower than explicit ones. Explicit solvent simulations only have a short cutoff for the direct non-bonded interactions, while the rest is done if fourier space. Implicit solvent simulations need to compute all non-bonded pairs. Hence, for small systems, implicit is faster than explicit, but for a system like yours, explicit actually wins.
总之就是,对于小体系的话,隐式比显式快,而对于大体系的话,显式模型可能更胜一筹。原因是,速度快慢取决于非键相互作用的计算,显式溶剂模拟有非键截断距离,而隐式溶剂模拟需要计算所有原子的非键相互作用。
附:prod.in文件
For Implicit:
&cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
nstlim=1000000,
igb=8,gbsa=3,surften=0.007,saltcon=0.0,
dt=0.002,ntc=2,ntf=2,
cut=1000.0,
ntpr=500, ntwx=5000,ntwr=10000,
ntt=3, gamma_ln=1.0, ig=-1,
temp0=310.0,
ntb=0,
ioutfm=1,ntxo=1,
/
For explicit:
&cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
nstlim=1000000,
dt=0.002,ntc=2,ntf=2,
cut=12.0,
ntpr=500, ntwx=2500,ntwr=50000,
ntt=3, gamma_ln=2.0,
temp0=310.0,
ntp=1, ntb=2,
ioutfm=1,ntxo=1,
iwrap=1,
/