首页 > 其他分享 >错误纠正操作的策略之一是基于第二代短读段的序列与长读段的比对

错误纠正操作的策略之一是基于第二代短读段的序列与长读段的比对

时间:2023-12-26 10:24:40浏览次数:27  
标签:纠正 长读 错误 第二代 操作 短读

错误纠正操作的策略之一是基于第二代短读段的序列与长读段的比对。具体操作如下:

1. 压缩处理:在进行比对之前,对第二代短读段和第三代长读段进行压缩处理。压缩处理的目的是将多个相邻的相同碱基压缩成一个,以提高比对效率[7]。

2. 比对操作:将压缩后的第二代短读段与第三代长读段进行比对。比对的目的是找出两者之间的高准确度比对结果,以便进行纠错操作[7]。

3. 错误纠正:基于比对的结果,利用第二代短读段对第三代长读段进行错误纠正。具体操作包括插入和删除比对位点的搜索以及校正序列的寻找[5]。在错误纠正过程中,可以使用从两端向中间搜索的方式,找到碱基的插入和删除比对位置[5]。

综上所述,基于第二代短读段的序列与长读段的比对,错误纠正操作包括压缩处理、比对操作和错误纠正操作。这些操作可以帮助提高纠错的准确性和效率。

标签:纠正,长读,错误,第二代,操作,短读
From: https://www.cnblogs.com/wangprince2017/p/17927545.html

相关文章

  • 在比对操作中,要找出第二代短读段与第三代长读段之间的高准确度比对结果
    在比对操作中,要找出第二代短读段与第三代长读段之间的高准确度比对结果,可以采用以下方法:1.使用第二代测序数据对第三代长读段进行纠错。例如,LoRDEC算法通过构建简洁deBruijn图来寻找纠错序列,从而实现纠正第三代长读段数据中的错误区域[16]。2.基于比对的方法。例如,LSC算法在......
  • 在只基于长读段的算法中,通过将长读段比对到由这些长读段自己构建的de Bruijn图上,采用
    基于长读段的算法可以通过将长读段比对到由这些长读段自己构建的deBruijn图上来进行错误纠错。在这种算法中,可以采用以下策略进行错误纠错:1.比对路径评判:通过比对长读段到deBruijn图上的路径,可以得到多条比对路径。为了找到正确的比对路径用于纠错,可以采取两种规则来评判比对......
  • 基于短读段的算法在将短读段比对到长读段上并进行错误纠正时,主要采用以下几种方法
    基于短读段的算法在将短读段比对到长读段上并进行错误纠正时,主要采用以下几种方法:1.比对和纠错:将同一物种的短读段比对到长读段上,并利用能够比对上的、且错误率低的短读段来进行错误纠正[6]。这种方法通过比对短读段和长读段之间的相似性,识别出长读段中的错误位置,并进行错误纠正......
  • de Bruijn图在基于短读段的组装和纠错方法中的优势
    ##deBruijn图在基于短读段的组装和纠错方法中的优势deBruijn图在基于短读段的组装和纠错方法中具有以下优势:1.高效捕获序列信息:deBruijn图以k-mer为节点,将读段信息转化为图形结构。由于k-mer是读段的重叠片段,因此deBruijn图能够高效地捕获读段之间的重叠信息,从而在组装和......
  • 基于短读段的算法中de Bruijn图在错误纠正中的应用
    ##基于短读段的算法中deBruijn图在错误纠正中的应用在基于短读段的组装和纠错方法中,deBruijn图被广泛应用于错误纠正过程中[1]。deBruijn图是一种基于k-mer的图结构,通过将短读段分割成等长的k-mer序列,将每个k-mer作为图中的节点,将相邻k-mer之间的连接关系表示为边[2]。在错误......
  • 长读段纠错算法综述
    长读段纠错算法综述 长读段纠错算法主要分为三种类型[6]: 基于短读段的算法:将同一物种的短读段比对到长读段上,并利用能够比对上且错误率低的短读段进行错误纠正。基于短读段组装的算法:将长读段比对到同一物种的短读段组装后的deBruijn图上,以此进行错误纠正。只基于长......
  • SAP ABAP 各种增强技术(Enhancement)概述 - 所谓第一代,第二代,第三代增强技术的出处试
    本文回答笔者这篇教程:如何通过增强(Enhancement)的方式给SAPABAP标准程序增添新功能评论区的读者留言:这个和第一二三四代以及badi增强有什么联系呢?笔者从2007年一月就在SAP中国使用ABAP进行SAP产品开发了,说实话SAP内部不会把ABAP各种增强技术简单得冠之以第一代,第二......
  • SAP ABAP 各种增强技术(Enhancement)概述 - 所谓第一代,第二代,第三代增强技术的出处试
    本文回答笔者这篇教程:如何通过增强(Enhancement)的方式给SAPABAP标准程序增添新功能评论区的读者留言:这个和第一二三四代以及badi增强有什么联系呢?笔者从2007年一月就在SAP中国使用ABAP进行SAP产品开发了,说实话SAP内部不会把ABAP各种增强技术简单得冠之以第一......
  • Long-read error correction: a survey and qualitative comparison (长读错误纠正:一
    BasicInformation:Title:Long-readerrorcorrection:asurveyandqualitativecomparison(长读错误纠正:一项调查和定性比较)Authors:PierreMorisse,ThierryLecroq,ArnaudLefebvreAffiliation:NormandieUniversité,UNIROUEN,INSARouen,LITIS,76000Rouen,......
  • 第二代串口屏UI编辑工具素材格式要求
    UI_Editor是乐升半导体公司开发的一款针对TFT串口屏的显示功能开发的软件,使用UI_Editor编辑工具,用户可以快速对TFT串口屏进行显示功能的开发,使得用户从繁杂的UI开发中挣脱出来,把更多的精力放在底层功能的真正实现上来。按照UI_Editor的使用说明(详情查看乐升半导体公司官网),使......