马氏距离是由印度统计学家马哈拉诺比斯(P. C. Mahalanobis)提出的，表示数据的协方差距离。它是一种有效的计算两个未知样本集的相似度的方法。与欧式距离不同的是它考虑到各种特性之间的联系（例如：一条关于身高的信息会带来一条关于体重的信息，因为两者是有关联的），并且是尺度无关的(scale-invariant)，即独立于测量尺度。
1）马氏距离的计算是建立在总体样本的基础上的，这一点可以从上述协方差矩阵的解释中可以得出，也就是说，如果拿同样的两个样本，放入两个不同的总体中，最后计算得出的两个样本间的马氏距离通常是不相同的，除非这两个总体的协方差矩阵碰巧相同；
2）在计算马氏距离过程中，要求总体样本数大于样本的维数，否则得到的总体样本协方差矩阵逆矩阵不存在，这种情况下，用欧式距离计算即可。
S = D1 * D1' (D1为m*n矩阵，m > n， m为特征维数，n为样本数)
rank(S) <= n 故 S 不可逆。
[if A=BC, then rank(A) <= min(rank(B), rank(C)).]
3）还有一种情况，满足了条件总体样本数大于样本的维数，但是协方差矩阵的逆矩阵仍然不存在，比如三个样本点（3，4），（5，6）和（7，8），这种情况是因为这三个样本在其所处的二维空间平面内共线。这种情况下，也采用欧式距离计算。
(均值向量为[5, 6], D1 = [-2 0 2; -2 0 2], S显然不可逆)
4）在实际应用中“总体样本数大于样本的维数”这个条件是很容易满足的，而所有样本点出现3）中所描述的情况是很少出现的，所以在绝大多数情况下，马氏距 离是可以顺利计算的，但是马氏距离的计算是不稳定的，不稳定的来源是协方差矩阵，这也是马氏距离与欧式距离的最大差异之处。
优点：它不受量纲的影响，两点之间的马氏距离与原始数据的测量单位无关；由标准化数据和中心化数据(即原始数据与均值之差）计算出的二点之间的马氏距离相同。马氏距离还可以排除变量之间的相关性的干扰。
缺点：它的缺点是夸大了变化微小的变量的作用。
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Matlab函数 d = mahal(Y,X) —— 计算Y中每个样本到X数据集中心的马氏距离。
即：d(I) = (Y(I,:)-mu)*inv(SIGMA)*(Y(I,:)-mu)'，其中mu、SIGMA分别为X的均值和方差。
X的行数必须大于列数（样本数多于维数）。
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相关
Pearson’s coefficient；Euclidean distance；
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马氏距离(Mahalanobis Distance)是一种距离的度量，可以看作是欧氏距离的一种修正，修正了欧式距离中各个维度尺度不一致且相关的问题。
单个数据点的马氏距离
数据点x, y之间的马氏距离
其中Σ是多维随机变量的协方差矩阵，μ为样本均值，如果协方差矩阵是单位向量，也就是各维度独立同分布，马氏距离就变成了欧氏距离。
马氏距离实际意义
马氏距离能干什么？它比欧氏距离好在哪里？
欧式距离近就一定相似？
先举个比较常用的例子，身高和体重，这两个变量拥有不同的单位标准，也就是有不同的scale。比如身高用毫米计算，而体重用千克计算，显然差10mm的身高与差10kg的体重是完全不同的。但在普通的欧氏距离中，这将会算作相同的差距。
归一化后欧氏距离近就一定相似？
当然我们可以先做归一化来消除这种维度间scale不同的问题，但是样本分布也会影响分类
举个一维的栗子，现在有两个类别，统一单位，第一个类别均值为0，方差为0.1，第二个类别均值为5，方差为5。那么一个值为2的点属于第一类的概率大还是第二类的概率大？距离上说应该是第一类，但是直觉上显然是第二类，因为第一类不太可能到达2这个位置。
所以，在一个方差较小的维度下很小的差别就有可能成为离群点。就像下图一样，A与B相对于原点的距离是相同的。但是由于样本总体沿着横轴分布，所以B点更有可能是这个样本中的点，而A则更有可能是离群点。
算上维度的方差就够了？
还有一个问题——如果维度间不独立同分布，样本点一定与欧氏距离近的样本点同类的概率更大吗？
可以看到样本基本服从f(x) = x的线性分布，A与B相对于原点的距离依旧相等，显然A更像是一个离群点
即使数据已经经过了标准化，也不会改变AB与原点间距离大小的相互关系。所以要本质上解决这个问题，就要针对主成分分析中的主成分来进行标准化。
马氏距离的几何意义
上面搞懂了，马氏距离就好理解了，只需要将变量按照主成分进行旋转，让维度间相互独立，然后进行标准化，让维度同分布就OK了
由主成分分析可知，由于主成分就是特征向量方向，每个方向的方差就是对应的特征值，所以只需要按照特征向量的方向旋转，然后缩放特征值倍就可以了，可以得到以下的结果：
离群点就被成功分离，这时候的欧式距离就是马氏距离。
马氏距离的推导
首先要对数据点进行旋转，旋转至主成分，维度间线性无关，假设新的坐标为
又变换后维度间线性无关且每个维度自己的方差为特征值，所以满足：
马氏距离是旋转变换缩放之后的欧式距离，所以马氏距离的计算公式为：
这就是之前提到的马氏距离的公式
马氏距离的问题
- 协方差矩阵必须满秩
里面有求逆矩阵的过程，不满秩不行，要求数据要有原维度个特征值，如果没有可以考虑先进行PCA，这种情况下PCA不会损失信息
- 不能处理非线性流形(manifold)上的问题
只对线性空间有效，如果要处理流形，只能在局部定义，可以用来建立KNN图
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参考：
https://www.yingsoo.com/news/devops/38000.html
https://www.jb51.net/article/137650.htm
https://zhuanlan.zhihu.com/p/46626607http://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%A9%AC%E6%B0%8F%E8%B7%9D%E7%A6%BB
http://rogerdhj.blog.sohu.com/39020502.html
http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R/06.html
http://www.jennessent.com/arcview/mahalanobis_description.htm
http://www.aiaccess.net/English/Glossaries/GlosMod/e_gm_mahalanobis