02. 软件准备

1. Perl

官网下载 https://www.perl.org/ ： 点击DOWNLOAD进入下载：

推荐使用Strawberry Perl，该版本与其它系统的兼容性比较好，自带的包也比较多。点击“Strawberry Perl”进入下载：

选择 “strawberry-perl-5.38.0.1-64bit.msi” 下载：

下载好后双击进行安装。

注意：安装路径中不要出现中文和空格。

安装完成后，桌面不会出现Perl的图标。需要用以下方法判断是否安装成功：

打开cmd或power shell，运行以下代码：

1 perl -v

 如果安装成功的话，会出现以下结果：

2. R

 官网下载 https://www.r-project.org/ ，点击“download R”进入下载：

选择任意China的一个镜像，这里以第一个清华的镜像为例：

按照自己的电脑系统选择相应的R版本：

第一次安装选择“base”即可：

base：用于基本分发的二进制文件。这是你首次安装 R 的内容。

contrib：贡献的 CRAN 包的二进制文件(对于 R >= 3.4.x)。

old contrib：为过时的 R 版本提供的 CRAN 包的二进制文件（适用于 R < 3.4.x）。

Rtools：用于生成 R 和 R 包的工具。这是你希望在 Windows 上生成自己的包或生成 R 本身的内容。

将Rtools也下载安装。

点击“Download R-4.3.2 for Windows”进行下载：

下载好后双击进行安装。

注意：安装路径中不要出现中文和空格。

 安装好后，打开R如下：

3. 安装R包

1. 从 CRAN 用代码安装R包

install.packages("ggplot2")

2. 从 Bioconductor 用代码安装R包

 以limma包为例，网页搜索“limma Bioconductor”：

点进去之后就进入了Bioconductor的网站：

 将installation中的代码复制到R语言中运行即可：