001、基于染色体合并gvcf文件
gatk CombineGVCFs -R reference.fna -V gvcf.list -L chrN -O chrN.merged.g.vcf.gz
其中：
referen.fna 是参考基因组；
gvcf.list是将要合并的gvcf文件的列表文件，一行一个个体；格式如下：
ERR2985607.g.vcf ERR2985608.g.vcf ERR2985609.g.vcf ERR2985610.g.vcf
chrN是染色体的名称：跟参考基因组中的染色体名称一致（不带>号）
-o指定输出文件。
002、获取单个染色体的vcf文件
003、最后合并所有染色体的vcf文件。
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标签：文件,vcf,变异,染色体,gatk,chrN,gvcf From： https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17745758.html