MDP.Net遵循三層式架構，將模組開發切割為：系統展示、領域邏輯、資料存取三個分層，減少模組對於元件、平台、框架的直接依賴，提高模組自身的內聚力。
- 系統展示(Presentation)：與目標客戶互動、與遠端系統通訊...等等的功能邏輯，會被歸類在系統展示。例如，使用MessageBox通知使用者處理結果、提供API給遠端系統使用。
- 領域邏輯(Domain)：封裝商業知識的物件、流程、演算法...等等的功能邏輯，會被歸類在領域邏輯。例如，出勤系統的刷卡記錄物件、購物商城的折購計算規則。
- 資料存取(Accesses)：資料庫的新增修改、遠端服務的呼叫調用...等等的功能邏輯，會被歸類在資料存取。例如，將資料存放到SQL Server、或者是從遠端API取得資料。
MDP.Net的模組程式遵循此分層，將每個模組拆解為三個專案，依序命名為：
- Module001.csproj：領域邏輯專案。
- Module001.WebAPI.csproj：系統展示專案。
- Module.Accesses.csproj：資料存取專案。
而在MDP.Net的領域邏輯(Domain)裡，也加入了下列設計，來進一步提升程式開發速度。
- Entity：DDD領域模型的實例物件(Class)，用以定義資料物件的物件屬性，並可以封裝商業邏輯成為物件方法。
- Repository：資料庫存取的邊界介面(Interface)，用來定義實例物件(Entity)進出資料庫的介面方法。
- Provider：遠端系統調用的邊界介面(Interface)，用來定義實例物件(Entity)進出遠端系統的介面方法。
- Service：商業知識的流程即演算法的封裝物件(Class)，封裝商業邏輯成為物件方法。也可以設計為邊界介面(Interface)，將商業邏輯用實做注入的方式使用。
- Context：做為模組入口的根物件(Class)，遵循Facade Pattern設計的原則，將上述四種物件與介面進行收整。除了做為模組被註冊、注入、使用的根物件之外，也可以封裝商業邏輯成為物件方法。
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