SimpleITK 简单使用

SimpleITK

ITK是一个开源、跨平台的框架，提供给开发者增强功能的图像分析和处理套件（推荐使用）。

Note:注意SimpleITK不支持中文，即路径中不能有中文

X射线图像对应的读取

 1 # @file   : itk_p1.py
 2 # @Time   : 2021/8/28 16:27
 3 # @Author : wmz
 4 import SimpleITK as sitk
 5 filename = '1.dcm'
 6 itk_img = sitk.ReadImage(filename)
 7 img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
 8 print(img_array.shape)
 9 
10 # 输出：（对应信息：frame_num, width, height）注意：img_array对应的是图像的矩阵信息
11 
12 # (1, 512, 512)

推荐用法：

 1 # -*- coding : UTF-8 -*-
 2 # @file   : itk_p2.py
 3 # @Time   : 2021/8/28 19:43
 4 # @Author : wmz
 5 
 6 import SimpleITK as sitk
 7 # 推荐用法
 8 filename = '1.dcm'
 9 itk_img = sitk.ReadImage(filename)
10 img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)[0]
11 print(img_array.shape)

 CT图像的读取

1 import SimpleITK as sitk
2 filename = '*.mhd'
3 itk_img = sitk.ReadImage(filename)
4 img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
5 print(img_array.shape)
6 输出：（对应信息：frame_num, width, height）帧参数：frame_num，代表CT扫描层数注意：img_array对应的是图像的矩阵信息
7 
8 (133, 512, 512)

将CT影像拆分成多个单幅图像

方法一：

 1 import SimpleITK as sitk
 2 import cv2
 3 filename = '*.mhd'
 4 itk_img = sitk.ReadImage(filename)
 5 img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
 6 frame_num, width, height = img_array.shape
 7 outpath = 'F:/data/LUNA16'#存放拆分得到的图像路径
 8 index = -1
 9 for img_item in img_array:
10     index = index + 1
11     cv2.imwrite("%s/%d.png" % (outpath, index), img_item)
12 print("done!")

方法二：

1 import SimpleITK as sitk
2 import os
3 import cv2
4 filename = '*.mhd'
5 path = 'F:/data/LUNA16'   #存放拆分得到图像的路径
6 itk_img = sitk.ReadImage(filename)
7 img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
8 for i, im in enumerate(img_array):
9   cv2.imwrite(os.path.join(path, '{}.png'.format(i)), im)

如下图所示是CT影像拆分出来的部分图像。拆分得到的图像大小均为512*512，总数是：frame_num张。