importnumpyasnpimportSimpleITKassitkfromglobimportglobimportnibabelasnibdefget_spacing(nifti_file_path):nifti_img=nib.load(nifti_file_path)spacing=nifti_img.header.get_zooms()#直接返回spacing元组returnspacingde

1、resampleSize这个重采样不是重采样Spacing，却是重采样size，为了达到所有的数据一致的size例如：(880,880,12)采样统一的（880，880，16）因为假如3DUnet网络数据设置了输入格式为(N,C,16,xxx,xxx),可以把每个数据的size都重采样(16,xxx,xxx)，然后输入网络。如果直接设置Size为(1

SimpleITK图像配准在网上找的资源，效果不佳，等清楚了函数和原理再细改，调试效果。1#-*-coding:UTF-8-*-2#@file:regist.py3#@Time:2021-11-1217:004#@Author:wmz56importSimpleITKassitk78#Utilitymethodthateither

1、使用SimpleITK对齐图像在看voxelmorph的代码，看到图像对齐部分，记录一下。下面是从voxelmorph项目中截取的一段保存图像的函数。函数输入分别是：配准后的图像、固定图像、要将配准图像保存的名字。将图像对齐的操作需要将对齐的图像的原点、方向、间距设置成与被对齐的图像一致。

1、读写nii.gz文件1##usingsimpleITKtoloadandsavedata.2importSimpleITKassitk3itk_img=sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz')4img=sitk.GetArrayFromImage(itk_img)5print("imgshape:",img.shape)67##save8out=si

1、去除3D小连通域在一些计算机视觉任务中，需要对模型的输出做一些后处理以优化视觉效果，连通域就是一种常见的后处理方式。尤其对于分割任务，有时的输出mask会存在一些假阳（小的无用轮廓），通过3D连通域找出面积较小的独立轮廓并去除可以有效地提升视觉效果。二维图像连通域一