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使用Tansformer分割三维腹部多器官--UNETR实战

时间:2023-06-14 22:35:24浏览次数:47  
标签:-- data image label keys UNETR import Tansformer True


不会 transformer 没关系,本教程开箱即用。

Tina姐总算对transformer下手了,之前觉得难,因为刚开始学序列模型的时候就没学会。然后就一直排斥学transformer。

这两周没什么事,加上MONAI有现成的教程,就打算先跑通后,再学理论。然后,顺利的跑通了代码,再学了一周理论,发现它也不过如此嘛,入门还是很容易的。

有同学想了解的transformer的话,可以先看完这个实战教程,如果感兴趣,后续会出一个transformer入门路线。


UNETR介绍

利用纯Transformers作为编码器来学习输入量的序列表示并有效地捕获全局多尺度信息。同时也遵循了编码器和解码器的成功的“U型”网络设计。Transformers编码器通过不同分辨率的跳跃连接直接连接到解码器,以得到最终的分割结果。

使用多器官分割的BTCV数据集、医学分割十项全能(MSD)数据集广泛验证了提出的模型在不同成像方式(即MR和CT)上对体积脑肿瘤和脾脏分割任务的性能,并且结果始终证明了良好的性能。

使用Tansformer分割三维腹部多器官--UNETR实战_人工智能

论文中,各数据集的分割结果如下

  • BTCV腹部多器官分割结果
  • MSD数据集上:脾脏分割和脑肿瘤分割

可以看到,UNETR在腹部多器官上打败了nnUet。

UNETR的模型结构

使用Tansformer分割三维腹部多器官--UNETR实战_人工智能_02


如果没学过Transformer,就把这个图当成Unet来看,左边是下采样,尺寸不断缩小,右边是上采样,尺寸不断扩大。中间是跳跃连接。

只不过这里的下采样用的是Transformer。

有了大概的了解,回归我们的实战吧


实战阶段

本教程代码连接:MONAI UNETR tutorial 把它下载下来,边跑边看我的解说,食用效果更佳

标签:--,data,image,label,keys,UNETR,import,Tansformer,True
From: https://blog.51cto.com/u_16159492/6481752

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