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姜雨：从牛羊基因组选择到分子设计育种

时间：2023-05-21 11:01:41浏览次数：40

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高通量测序的数据处理与分析(二)--宏基因组2
博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库：1.NCBI的SRA数据库，2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库：NGDC你可以直接通过网页下载数据，或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站......
什么配置的电脑可满足基因组索引构建的需求？
经常有朋友问起自己要做什么分析，推荐一个电脑的配置。通常限制程序运行的最主要因素是内存，内存不足程序会直接运行不起来，CPU性能弱顶多是运行的慢，硬盘比较便宜，不需要特别评估。针对这个问题，我们准备推出一系列测试推文，统计计算常用软件的运行时间、所需的最大物理内存（后面统计的都......
宏基因组学是如何出现的？它的出现对微生物学领域有多大的改变？
宏基因组学是在生物技术和计算机科学的帮助下发展起来的，它的出现可以追溯到上世纪90年代后期。传统微生物学侧重于使用培养方法研究单个微生物菌落，而宏基因组学则通过分析环境中的dna，可以同时研究数百万个微生物群体。这种方法能够提供关于整个微生物群落的结构、功用潜力和相互作......
从国家基因组科学数据中心下载数据
001、官方网站：https://ngdc.cncb.ac.cn/ 002、入口： 003、输入数据编号： 004、 005、 06、linux下载说明 ......
高通量测序的数据处理与分析指北(二)-宏基因组篇
宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环......
易基因｜RRBS单碱基绘制580种动物的基因组规模DNA甲基化谱：Nature子刊
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2023年01月16日，奥地利科学院分子医学研究中心(CeMM)研究团队在《NatCommun》杂志发表了题为“Comparative......
姜雨：从牛羊基因组选择到分子设计育种
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易基因｜细菌全基因组甲基化纳米孔测序(ONT)：技术推介
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。今天跟大家介绍一下易基因的新产品：细菌全基因组甲基化纳米孔测序（ONT）。表观修饰不需要改变DNA序列便能实现对性......
易基因｜14种全基因组DNA甲基化测序(WGBS)标准分析比对软件的比较 | 生信专区
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）是甲基化研究的重要技术。尽管已经开发了一系列工具来解决由亚硫酸盐处理引......
宏基因组分箱
分箱•使用metabat2进行分箱##构建indexsingularityexec../../software/MetaGenome.sifbowtie2-build\A1.contigs.fa\A1.contigs.db##比对并排序singularityexec......

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